关于倒卖土地指标不成后签订退款协议并约定退款利息和违约金，该协议是否有效的问题，结论如下：

1. 协议的基本有效性：

   • 一般情况下，双方自愿签订的退款协议，只要内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。在此案例中，若退款协议是双方真实意思的表示，且未违反相关法律法规，那么该协议在法律上是有效的。

2. 关于退款利息和违约金的约定：

   • 退款利息：双方可以在协议中约定退款利息，这通常被视为对资金占用期间的一种补偿。只要利息约定不违反国家关于利率的强制性规定（如不超过LPR的四倍），该约定即有效。
   • 违约金：违约金是双方约定的，在一方违约时向另一方支付的一定数额的金钱。违约金的约定也是合法的，但同样需要遵守相关法律法规的规定，如违约金数额不应过高，否则可能被法院调整。

3. 特殊情况下的协议效力：

   • 倒卖土地指标的违法性：如果倒卖土地指标的行为本身违反了法律法规（如土地管理法、城乡规划法等），那么基于该违法行为签订的退款协议可能因违法而无效。但这一判断需要具体分析倒卖行为的具体性质和后果，以及退款协议与倒卖行为之间的关联性。
   • 协议内容的合法性：除了倒卖土地指标的违法性外，还需要审查退款协议的其他内容是否合法。例如，如果协议中存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，或者协议内容损害了国家、集体或第三人的利益，那么该协议可能无效或可撤销。

4. 法律建议：

   • 审查协议内容：在签订退款协议前，双方应仔细审查协议内容，确保协议内容合法、合规，且符合双方的真实意思表示。
   • 咨询专业律师：由于土地指标交易和退款协议涉及复杂的法律问题，建议双方在签订协议前咨询专业律师，以获取专业的法律意见和指导。
   • 保留证据：在交易过程中，双方应保留好相关证据，如交易记录、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。

若协议存在争议或无效情形，可能产生的法律后果：

• 如果退款协议被认定无效或可撤销，那么双方应恢复原状，即返还因协议而取得的财产。如果无法返还或没有必要返还的，应当折价补偿。
• 如果一方因协议无效或可撤销而遭受损失的，有权要求有过错的一方承担赔偿责任。

总结：倒卖土地指标不成后签订的退款协议，在内容合法、合规且符合双方真实意思表示的情况下，一般是有效的。但双方仍需注意协议内容的合法性和合规性，以及可能存在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。