结论前置：土地违法收回后签订的协议是否有效，需根据具体情况判断，主要取决于协议的主体、意思表示、内容合法性及形式是否符合法律规定。以下从不同角度进行详细分析：
协议主体适格性
- 有效情形：若签订协议的双方均具有相应的民事行为能力，如完全民事行为能力的成年人或经法定代理人同意的未成年人（在特定情况下），且双方对协议内容有清晰的认识和同意，则协议主体适格，这是协议有效的前提之一。
- 无效情形：若一方或双方不具有相应的民事行为能力，如未成年人未经法定代理人同意、精神病人等，则签订的协议可能因主体不适格而无效。
意思表示真实性
- 有效情形：协议必须是双方自愿、平等、真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。例如，双方在充分沟通后，就土地违法收回后的补偿或处理方式达成一致，并明确知晓协议的内容及其法律后果，这样的协议意思表示真实，具有法律效力。
- 无效情形：若协议是在欺诈、胁迫或重大误解的情况下签订的，如一方故意隐瞒土地违法收回的事实，或以暴力、威胁等手段迫使对方签订协议，则协议可能因意思表示不真实而无效。
内容合法合规性
- 有效情形：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，若土地违法收回后，双方就土地的返还、补偿或重新分配等事项达成协议，且这些事项符合土地管理法等相关法律法规的规定，则协议内容合法，具有法律效力。
- 无效情形：若协议内容违反法律强制性规定，如私自出让农村集体土地给非本集体经济组织成员、损害国家或集体利益等，则协议可能因内容违法而无效。此外，若协议中涉及需要办理批准、登记等手续的事项，但这些手续未依法完成，也可能影响协议的效力。
符合法定形式
- 有效情形：协议应采用书面形式，并由双方当事人签字或盖章确认。对于涉及土地权益变更的重要事项，书面形式是必要的，以避免后续争议。例如，双方就土地违法收回后的补偿事宜签订书面协议，并明确补偿金额、支付方式等条款，这样的协议形式合法，具有法律效力。
- 无效或可撤销情形：若协议未采用书面形式，或虽采用书面形式但未经双方当事人签字或盖章确认，则协议可能因形式不合法而无效或可撤销。不过，在特定情况下，如双方均承认协议内容且已实际履行，口头协议也可能被认定为有效，但这需要具体证据支持。
法律建议：
- 在处理土地违法收回后的协议签订问题时，务必确保协议主体适格、意思表示真实、内容合法合规且符合法定形式。
- 若对协议的法律效力存在疑问，建议及时咨询专业律师（即我本人），以便对协议进行全面审查并提供法律意见。
- 在签订协议前，务必仔细阅读协议条款，确保自身权益得到充分保障。如有必要，可要求对方提供相关证明材料或进行法律尽职调查。
可能法律后果：
- 若协议有效，双方应按照协议约定履行各自义务。如一方违约，另一方有权要求违约方承担违约责任或赔偿损失。
- 若协议无效或可撤销，双方可能需恢复原状或重新协商签订新的协议。在此过程中，可能涉及复杂的法律程序和争议解决机制。因此，在签订协议前务必谨慎考虑并咨询专业律师的意见。