结论：针对您起诉小三要求返还39万，但小三只愿意还20万的情况，您可以通过法律途径继续追讨剩余的19万。小三是否出庭或接受调解，并不影响法院根据证据进行判决。
法律分析：
证据的重要性：
- 您已经拥有小三在电话录音中承认收到39万的证据，这是非常有力的证据。在法庭上，这份录音可以作为证明小三确实收到了这笔款项的关键证据。
- 除了录音证据，您还可以收集其他相关证据，如转账记录、聊天记录等，以进一步证明小三与您丈夫之间的不正当关系以及资金往来情况。
小三的出庭与调解：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，即使小三不出庭或拒绝调解，法院也可以根据原告提供的证据进行缺席审判。这意味着，小三的缺席并不会阻止法院对案件进行审理和判决。
- 调解是法院的一个诉前阶段，但并不是结案的唯一方式。如果双方无法在调解阶段达成和解协议，法院将依法进行审理并作出判决。
判决的执行：
- 如果法院判决小三需要返还剩余的19万，但小三不履行判决，您可以申请强制执行。法院有权采取多种措施来强制执行判决，如查封、扣押、拍卖财产等。
法律建议：
继续收集证据：
- 除了现有的录音证据外，尽量收集更多与案件相关的证据，如转账记录、聊天记录、证人证言等。这些证据将有助于您在法庭上证明自己的主张。
提起诉讼并等待判决：
- 如果您已经提起了诉讼，那么请耐心等待法院的判决。在等待期间，您可以继续收集证据或与律师沟通案件进展情况。
- 如果法院判决小三需要返还剩余的款项，但小三不履行判决，您可以及时向法院申请强制执行。
考虑小三的抗辩理由：
- 小三可能提出她与您丈夫之间存在某种关系或协议，从而试图减少返还的金额。您需要准备充分的证据来反驳这些抗辩理由，并证明小三确实需要返还全部的39万。
可能面临的法律后果：
- 如果法院最终判决小三需要返还剩余的19万，并且小三不履行判决，她可能会面临法院的强制执行措施，如财产被查封、扣押或拍卖等。
- 如果小三在法庭上提出无理的抗辩理由或拒绝配合法院的审理工作，她可能会受到法院的制裁或处罚。
总结与进一步行动：
- 您已经拥有了有力的证据来支持自己的主张，并且法律也提供了相应的途径来保护您的权益。因此，您应该继续坚持自己的诉求，并通过法律途径来追讨剩余的款项。
- 如果您在案件处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。