针对“通知员工不允许加班，员工仍加班”的情况，处理方式需结合法律、公司制度及实际管理需求综合考量，以下是具体建议：

1. 明确制度合法性，避免法律风险

根据《劳动法》第41条，用人单位因生产经营需要安排加班，需与工会和劳动者协商一致，且每日不得超过1小时（特殊情况不超过3小时，每月不超过36小时）。若公司已通过合法程序（如民主讨论、公示）制定禁止加班制度，且加班非因紧急生产任务导致，员工擅自加班可能违反公司规定。
关键点：

• 制度需明确“禁止加班”的具体情形（如非必要任务、超出法定工时等）；
  
• 保留制度公示、员工签收记录，避免因“未告知”导致制度无效。

2. 区分“自愿加班”与“公司要求”，防范支付加班费义务

若员工自愿加班且未完成公司安排的任务（如自行处理私人事务），公司无需支付加班费；但若员工加班是为完成公司明确分配的工作（如未在工时内完成的任务），即使公司“禁止”，仍可能被认定为“公司安排加班”，需支付加班费。
操作建议：

• 要求部门负责人严格管控工作任务量，确保在法定工时内可完成；
  
• 对员工加班行为进行书面记录（如加班申请单、工作成果），明确是否为公司要求。

3. 采取阶梯式管理措施，强化制度执行

• 首次违规：口头或书面警告，明确制度要求及违规后果；
  
• 多次违规：根据《劳动合同法》第39条，以“严重违反公司规章制度”为由解除劳动合同（需确保制度中明确“擅自加班属于严重违纪”）；
  
• 特殊情况：若员工因家庭紧急情况需加班处理，可灵活调整工时（如调休），体现人性化管理。

4. 防范“变相加班”风险

若公司通过工作群、邮件等方式在下班后安排工作，即使未明确要求“加班”，也可能被认定为“隐形加班”，需支付加班费。
建议：

• 明确工作沟通时间（如非紧急事务不在下班后联系）；
  
• 对下班后安排的工作，优先通过调休或支付加班费补偿。

5. 留存证据，应对潜在纠纷

若员工以“公司未支付加班费”为由投诉或仲裁，公司需提供以下证据：

• 禁止加班制度及公示记录；
  
• 员工加班未获批准的记录（如加班申请被驳回的凭证）；
  
• 工作任务分配记录（证明员工可在法定工时内完成工作）。

总结：公司需从制度合法性、任务分配合理性、管理措施严格性三方面入手，既避免法律风险，又确保制度可执行。若需进一步优化加班管理制度或处理具体纠纷，可直接向我咨询。