结论：您女朋友拿着您店里三年的营业款跑了，并且把您拉黑了，这一行为有可能构成犯罪，具体是否构成犯罪以及构成何种犯罪，需要结合更多细节和证据来判断。

分析如下：

1. 从刑事犯罪的角度：

   • 如果您女朋友在收银过程中，利用职务上的便利，将营业款非法占为己有，且数额较大，那么她的行为可能构成职务侵占罪。职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
   • 如果您女朋友并非利用职务便利，而是通过欺骗、秘密窃取等手段获取营业款，且数额较大，那么她的行为可能构成盗窃罪或诈骗罪，具体取决于她获取营业款的方式。

2. 从民事纠纷的角度：

   • 即便您女朋友的行为不构成刑事犯罪，她擅自拿走营业款的行为也侵犯了您的财产权，您有权要求她返还营业款，并可能要求她赔偿因此给您造成的损失。
   • 您提到收银账目都在，这是非常重要的证据，可以证明营业款的数额以及您女朋友的侵占行为。

3. 需要进一步了解的信息：

   • 您女朋友在店里的具体身份和职责是什么？她是否有权管理或接触营业款？
   • 营业款的具体数额是多少？是否达到了刑事犯罪的立案标准？
   • 您女朋友是如何拿走营业款的？是秘密窃取、欺骗还是利用职务便利？
   • 您是否有其他证据可以证明您女朋友的侵占行为，如监控录像、证人证言等？

建议：

• 收集证据：尽快收集所有与营业款相关的证据，包括收银账目、监控录像、证人证言等。
• 报警处理：如果您认为您女朋友的行为构成刑事犯罪，可以向当地公安机关报案，并提供相关证据。
• 民事诉讼：如果您女朋友的行为不构成刑事犯罪，或者您希望尽快追回营业款，可以考虑向法院提起民事诉讼，要求她返还营业款并赔偿损失。

后续行动：

• 在采取任何行动之前，建议您先咨询专业律师，以便更准确地评估情况并制定合适的策略。
• 如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。