结论：女朋友拿着店里三年营业款跑了，这一行为可能构成犯罪，具体是否构成犯罪以及构成何种犯罪，需根据实际情况判断，可能涉及职务侵占罪或盗窃罪。
分析如下：
职务侵占罪角度：
- 构成要件：职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
- 应用情况：若你女朋友在你店里担任收银员，属于公司、企业的工作人员，且她利用收银的职务便利，将店里的营业款非法占为己有，数额达到较大标准（一般指6万元以上，但具体标准可能因地区而异），则可能构成职务侵占罪。
盗窃罪角度：
- 构成要件：盗窃罪是指以非法占有为目的，盗窃公私财物数额较大或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃公私财物的行为。
- 应用情况：若你女朋友虽然在你店里收银，但并未被明确授权管理营业款，或者她采取秘密手段（如趁你不注意时将营业款拿走）将营业款非法占为己有，且数额达到较大标准（一般指1000元至3000元以上，具体标准因地区而异），则可能构成盗窃罪。
法律建议：
- 收集证据：首先，你需要收集相关证据，如监控录像、收银记录、证人证言等，以证明你女朋友确实拿走了营业款以及拿走的金额。
- 报警处理：在收集到足够证据后，你可以向当地公安机关报案，由公安机关进行调查取证，并根据调查结果决定是否立案侦查。
- 咨询律师：在整个过程中，建议你咨询专业律师，以便更好地了解你的权利和义务，以及如何维护自己的合法权益。律师可以为你提供法律咨询、协助你收集证据、代表你与公安机关沟通等。
可能法律后果：
- 刑事责任：如果你女朋友的行为构成犯罪，她将面临刑事责任的追究，可能包括有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。
- 民事责任：除了刑事责任外，你女朋友还可能需要承担民事责任，即赔偿你因她的行为所遭受的损失。
特别提醒：
- 在处理此类事件时，请保持冷静和理性，避免采取过激行为。
- 法律程序可能较为复杂和漫长，请做好心理准备并积极配合律师和公安机关的工作。
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