关于与集团公司签订的保密协议在与分公司签订合同的情况下是否有效的问题，结论是：保密协议的有效性主要取决于协议内容本身及其签订主体，与后续和分公司签订合同的行为无直接关联，但需结合具体情况分析。以下从不同角度详细阐述：
一、保密协议签订主体的影响
集团公司作为签订主体：
- 若保密协议是由您与集团公司签订的，且协议中明确约定了保密义务、保密范围、保密期限等关键条款，那么该协议在集团公司与您之间是具有法律效力的。
- 集团公司作为独立的法人实体，其签订的保密协议对其自身及其下属分支机构（包括分公司）在业务范围内具有一定的约束力，但这种约束力并非绝对，还需看协议具体内容及分公司的实际参与情况。
分公司作为合同签订主体：
- 分公司虽然不具有独立的法人资格，但其作为集团公司的分支机构，在集团公司的授权范围内可以从事经营活动，包括签订合同。
- 若您后续与分公司签订了合同，但该合同并未涉及保密条款或未对原保密协议进行修改或补充，那么原与集团公司签订的保密协议仍然有效，且对分公司在集团公司授权范围内的相关业务活动具有约束力。
二、保密协议内容与合同内容的关系
保密协议独立于合同：
- 保密协议通常是为了保护特定信息（如商业秘密、技术秘密等）不被泄露而签订的，其效力独立于后续签订的任何合同。
- 即使您与分公司签订了合同，只要该合同未明确排除或修改原保密协议的内容，保密协议仍然有效。
合同可能影响保密协议的具体执行：
- 如果合同中包含了与保密协议相冲突或不同的条款，特别是关于保密义务、保密范围、保密期限等方面的规定，那么可能需要根据合同的约定来调整保密协议的具体执行方式。
- 在这种情况下，建议双方协商一致，对保密协议进行修改或补充，以确保其与合同内容的一致性和协调性。
三、实际操作中的建议
审查保密协议和合同条款：
- 在与分公司签订合同前，仔细审查原与集团公司签订的保密协议以及即将签订的合同条款，确保两者在保密方面的规定一致且无冲突。
明确保密义务和责任：
- 在合同中明确约定保密义务和责任，包括保密信息的范围、保密期限、保密措施以及违约责任等，以增强保密协议的可执行性和约束力。
及时沟通协商：
- 如果在合同签订或执行过程中发现保密协议与合同存在冲突或不一致之处，应及时与对方沟通协商，寻求解决方案，避免因此产生纠纷。
举例说明：假设您与集团公司签订了一份保密协议，约定了对某项技术秘密的保密义务。后来，您与集团公司的分公司签订了一份销售合同，但该合同并未涉及技术秘密的保密条款。在这种情况下，原保密协议仍然有效，且对分公司在销售合同执行过程中可能接触到的技术秘密具有约束力。如果分公司违反了保密协议的规定，您有权依据保密协议追究其法律责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。