针对您提出的“自首一件不能查清的案子怎么办”的问题，以下是我的详细解答：

1. 自首的法律意义与效果：

   • 自首是犯罪嫌疑人或被告人在犯罪后，自动向司法机关投案，并如实供述自己罪行的行为。根据《中华人民共和国刑法》第六十七条的规定，自首的犯罪分子可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。
   • 自首的核心在于“自动投案”和“如实供述”。即使案件的具体细节或全部事实暂时无法查清，只要您能如实供述您所知道的部分，就符合自首的基本要求。

2. 案件不能查清时的处理：

   • 司法机关的调查义务：司法机关在接到自首后，有义务对案件进行调查。如果案件确实存在难以查清的情况，如证据不足、证人缺失等，司法机关会依据现有证据和法律规定进行综合判断。
   • 自首者的权利与义务：作为自首者，您有权要求司法机关依法进行调查，并有权了解案件的进展情况。同时，您也有义务继续配合司法机关的调查，提供您所知道的所有信息，即使这些信息可能并不完整或直接。
   • 可能的法律后果：如果案件最终无法查清，但您的自首行为被认定，您仍然可能因自首而获得从轻或减轻处罚的机会。然而，如果您的自首行为中存在隐瞒、虚构等不实情况，可能会影响自首的认定，甚至可能构成新的犯罪。

3. 具体建议：

   • 如实供述：在自首时，务必如实供述您所知道的所有情况，包括案件的发生时间、地点、涉及人员、具体行为等。不要隐瞒或虚构任何信息，以免影响自首的认定。
   • 配合调查：在司法机关调查过程中，积极配合调查工作，提供您所能提供的所有证据和线索。即使某些信息可能对您不利，也应如实提供，因为隐瞒或拒绝提供可能构成妨碍司法公正的行为。
   • 寻求法律帮助：如果您对自首的法律后果或案件的处理存在疑问，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理申诉或辩护等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。

总结来说，即使案件的具体细节或全部事实暂时无法查清，只要您能如实供述您所知道的部分并自动投案，就符合自首的基本要求。在自首后，您应积极配合司法机关的调查工作，并寻求专业律师的帮助以更好地维护自己的合法权益。如果您有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。