当法院已经立案的案子发现没有管辖权时，会依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，采取一系列严谨且有序的处理措施，以确保案件的合理、公正处理。以下是针对此情况的详细解答：
一、主要处理原则：移送管辖
法律依据： 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十七条，人民法院发现受理的案件不属于本院管辖时，应当移送有管辖权的人民法院。
操作流程：
裁定移送：立案法院会作出移送裁定，明确移送理由及受移送法院。这一裁定是法院对案件管辖权进行审查后作出的正式决定。
通知当事人：法院会及时告知双方当事人移送决定及后续安排，确保当事人了解案件进展，并有权对移送决定提出异议或上诉（在特定情况下）。
卷宗材料移交：立案法院会将全部案卷材料移送至受移送法院，包括起诉状、证据材料、庭审记录等，以便受移送法院能够全面了解案件情况。
受移送法院的处理：
依法受理：受移送法院在确认管辖权后，应及时受理案件，并通知当事人。
退回或报请指定管辖：若受移送法院认为移送不当或存在管辖权争议，可报请上级法院指定管辖。
二、特殊情况下的处理：指定管辖
适用情形：
管辖权争议：当两个以上法院因管辖权发生争议且协商未果时，需要上级法院指定管辖。
移送错误或推诿：受移送法院认为移送不当，或者各法院均不愿受理案件时，也需要上级法院指定管辖。
操作流程：
报请上级法院：由争议法院的共同上级法院指定管辖。这通常涉及法院之间的协调和上级法院的审查决定。
直接指定：在特殊情况下，上级法院可直接指定某一下级法院管辖，以确保案件得到及时处理。
三、管辖权异议的处理
提出主体与时间：
当事人提出：被告需在提交答辩状期间内提出管辖权异议。这是被告对法院管辖权提出质疑的法定权利。
逾期失效：若被告未在法定期间内提出管辖权异议，则视为接受受诉法院管辖，不得再对此提出异议。
处理方式：
审查与裁定：法院对异议进行审查，认为成立的，裁定移送；不成立的，裁定驳回。这一裁定是法院对管辖权异议的正式回应。
上诉权保障：当事人对驳回裁定不服的，可在10日内提起上诉。这是当事人对法院裁定不服时的法定救济途径。
四、注意事项
避免久拖不决：移送管辖应在立案后及时完成，防止案件长期悬而未决，影响当事人的合法权益。
保障当事人权利：确保当事人在移送或指定管辖过程中享有充分的知情权与参与权，如及时通知当事人移送决定、提供上诉机会等。
加强法院间协调：通过管辖权协商机制减少移送争议，提升司法效率。法院之间应加强沟通与合作，共同确保案件得到妥善处理。
综上所述，当法院已经立案的案子发现没有管辖权时，会遵循移送管辖、指定管辖等原则进行处理，并充分保障当事人的合法权益和司法程序的公正性。