结论：违法人员将违纪款退赔企业，并不直接适用《中华人民共和国公职人员政务处分法》（以下简称《政务处分法》）中的减轻条例，但退赔行为可能作为量纪情节在处分时予以考虑。
分析：
《政务处分法》的适用范围：
- 《政务处分法》主要针对的是公职人员的违法行为，规定了公职人员违法行为的种类、处分种类、适用规则等。它并不直接适用于非公职人员的违法退赔行为。
退赔行为的性质：
- 退赔行为是违法人员对其违法行为的一种补救措施，旨在恢复被侵害的企业的合法权益。这种行为本身并不构成对违法行为的减轻或免除，但可以作为量纪时的一个考虑因素。
减轻条例的适用：
- 《政务处分法》中的减轻条例通常适用于公职人员主动交代违法事实、配合调查、有立功表现等情形。这些情形与退赔行为虽然都是积极的补救措施，但性质上有所不同。退赔行为更多是对违法后果的弥补，而减轻条例中的情形则更多是对违法态度的考量。
退赔行为在量纪中的考虑：
- 在实际量纪过程中，如果违法人员主动退赔违纪款，这通常会被视为一个积极的量纪情节。虽然它不直接适用减轻条例，但可能会在处分决定中予以体现，如从轻或减轻处分。这取决于具体的违法情节、退赔的及时性、退赔的完整性以及违法人员的态度等因素。
建议：
- 对于违法人员而言，主动退赔违纪款是积极补救违法行为的重要措施，有助于减轻其法律责任。但需要注意的是，退赔行为本身并不直接适用减轻条例，而是作为量纪时的一个考虑因素。
- 对于企业而言，在收到违法人员的退赔款后，应及时确认款项的性质和金额，并保留好相关证据。同时，企业也可以根据实际情况向相关部门报告违法人员的退赔行为，以便在量纪过程中予以考虑。
- 如果涉及具体的政务处分案件，建议违法人员或企业咨询专业的法律人士，以便更准确地了解退赔行为在量纪中的具体作用和影响。
法律后果：
- 如果违法人员未主动退赔违纪款，且被查实存在违法行为，那么其可能面临更严厉的政务处分。
- 如果违法人员主动退赔违纪款，并在量纪过程中得到从轻或减轻处分的考虑，那么其可能面临的政务处分会相对较轻。但具体处分结果仍需根据违法情节、退赔情况等因素综合判断。