整体租赁商铺后又进行招商合作，这一行为本身是合法的，但具体合法性需结合实际情况及合同条款来判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律背景与原则
合同自由原则：在民事法律关系中，合同双方享有合同自由，即有权自主决定合同的内容、形式及相对方。因此，商铺的整体承租者有权根据自身经营需要，对商铺进行再招商或合作经营，只要这一行为不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，就是合法的。
租赁合同约定：商铺的整体承租者在进行招商合作时，需仔细审查其与原出租人签订的租赁合同。如果租赁合同中明确禁止或限制承租者进行转租、分租或招商合作，那么承租者的这一行为就可能构成违约，需要承担相应的违约责任。反之，如果租赁合同中没有相关限制，或者承租者已经取得了原出租人的书面同意，那么其招商合作行为就是合法的。
二、实际操作中的注意事项
取得原出租人同意：即使租赁合同中没有明确禁止招商合作，为了确保行为的合法性，承租者最好还是取得原出租人的书面同意。这不仅可以避免潜在的违约风险，还可以为后续的合作经营提供法律保障。
明确合作方式与责任：在进行招商合作时，承租者应与合作方明确合作方式、责任分担、收益分配等关键条款，并签订书面合作协议。这有助于保护双方的合法权益，避免在合作过程中出现纠纷。
遵守相关法律法规：承租者在进行招商合作时，还需遵守相关法律法规，如商业经营许可、消防安全、环保等方面的规定。如果合作经营涉及特殊行业或领域，还需取得相应的行业许可或资质。
三、可能面临的法律后果
违约责任：如果承租者的招商合作行为违反了租赁合同的约定，且未取得原出租人的同意，那么其可能需要承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
行政处罚：如果承租者的招商合作行为违反了相关法律法规的规定，如未经许可擅自经营、违反消防安全规定等，那么其可能面临行政处罚，如罚款、停业整顿等。
民事纠纷：在招商合作过程中，如果承租者与合作方之间发生纠纷，如收益分配不均、责任分担不明等，那么双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷。
建议：在进行整体租赁商铺后的招商合作时，务必谨慎行事，确保行为的合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。