合作协议中约定以现金方式支付，本身并不违法，但需满足一定条件并注意相关风险。以下从不同角度为你详细分析：
合法性角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合同的内容由当事人约定，一般包括当事人的姓名或者名称和住所、标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、地点和方式、违约责任、解决争议的方法等条款。因此，合作协议中约定以现金方式支付，属于合同双方对支付方式的约定，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法的。
税务合规角度：
- 虽然现金支付本身不违法，但如果是大额交易，使用现金支付可能引发税务方面的关注。根据税收征收管理法的规定，纳税人应当按照规定设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算。如果大量使用现金进行交易，可能难以提供合法、有效的凭证来支持账簿记录，从而引发税务风险。因此，在合作协议中约定现金支付时，应考虑税务合规的问题，尽量避免大额现金交易，或者确保能够提供充分的税务凭证。
证据保留角度：
- 现金交易相比银行转账等电子支付方式，更难留下交易痕迹和证据。如果合作过程中出现纠纷，现金支付的记录可能难以作为有效证据来支持自己的主张。因此，在合作协议中约定现金支付时，应特别注意证据的保留问题，比如可以要求对方出具收据、签字确认等，以便在需要时能够提供充分的证据来支持自己的权益。
实际操作建议：
- 在签订合作协议时，如果双方确实希望采用现金支付方式，建议明确约定现金支付的具体金额、支付时间、支付地点以及支付后的确认方式等细节，以避免后续产生纠纷。
- 同时，考虑到现金支付可能带来的税务和证据保留问题，建议双方在协议中约定相应的解决措施，比如约定定期提供税务凭证、保留交易记录等。
总结来说，合作协议中约定以现金方式支付本身并不违法，但需注意税务合规和证据保留的问题。在签订合作协议时，建议双方充分考虑这些因素，并明确约定相关细节，以确保合作的顺利进行和双方权益的保障。如果你在合作协议签订或履行过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。