合作协议中的保证金是合法的。在商业合作中，保证金作为一种担保方式，经常被用于确保合同双方按约履行各自的义务。以下是对这一问题的详细分析：

1. 保证金的法律性质：

   • 保证金通常被视为合同双方约定的一种履约担保，其目的在于促使合同当事人按照约定履行自己的义务，并作为一种风险防控手段。
   • 在法律上，保证金并没有明确的禁止性规定，因此，只要合同双方自愿且意思表示真实，保证金条款就是合法有效的。

2. 保证金在合作协议中的应用：

   • 在合作协议中，保证金可以被用作确保一方或双方按约履行合作义务的担保。例如，一方可能需要支付保证金以证明其有履行合同的诚意和能力。
   • 如果合作一方违反了合同约定，守约方可以根据合同条款，从保证金中扣除相应的违约金或损失赔偿。

3. 保证金的注意事项：

   • 保证金的具体数额、支付方式、退还条件等应在合作协议中明确约定，以避免后续产生争议。
   • 保证金条款应遵守相关法律法规，不得违反公平、公正原则，也不得损害国家、集体或第三人的合法权益。

4. 法律后果：

   • 如果合作协议中的保证金条款合法有效，且一方违反了合同约定，守约方有权根据合同条款处理保证金。
   • 如果保证金条款存在违法或显失公平的情况，可能会导致条款无效或被撤销，此时保证金的处理将依据法律规定进行。

综上所述，合作协议中的保证金是合法的，但具体条款的设置需要遵循法律法规和公平原则，以确保合同的合法性和有效性。如果你在具体合作中遇到了保证金相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议。