以合作协议方式付佣金是合法的。但具体是否合法，还需根据协议的具体内容以及相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合作协议的性质：

   • 合作协议是双方基于平等、自愿的原则，就合作事项、权利义务、违约责任等达成的书面约定。
   • 只要合作协议的内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或他人的合法权益，即具有法律效力。

2. 佣金的支付方式：

   • 佣金是作为一种报酬或服务费，由一方支付给另一方，以感谢其在合作中所提供的服务或促成的交易。
   • 以合作协议方式支付佣金，即是将佣金的支付纳入合作协议的约定之中，作为协议的一部分来执行。

3. 合法性的判断：

   • 判断以合作协议方式付佣金是否合法，主要需关注合作协议的内容是否合法，以及佣金的支付是否符合相关法律法规的规定。
   • 如果合作协议内容合法，且佣金的支付符合相关法律法规（如税法、反不正当竞争法等）的要求，那么以合作协议方式付佣金就是合法的。

4. 注意事项：

   • 在签订合作协议时，应明确佣金的支付标准、支付方式、支付时间等条款，以确保双方权益得到保障。
   • 支付佣金时，应遵守相关税法规定，确保佣金的支付合法合规。
   • 如遇纠纷，双方应首先通过友好协商解决；协商不成时，可依法向法院提起诉讼或申请仲裁。

综上所述，以合作协议方式付佣金在符合相关法律法规的前提下是合法的。如有具体合作协议需要审查或咨询相关法律问题，请直接向我提问。