风险由员工承担的制度是否合理合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法且合理的情况
特定行业或岗位的风险自担：
- 在某些特定行业或岗位中，员工承担一定风险是行业惯例或岗位特性所决定的。例如，高空作业、危险品处理等岗位，员工在入职时即应知晓并接受相关风险。这种情况下，如果企业已经为员工提供了必要的安全培训、防护措施，并依法购买了相应的保险，那么要求员工承担一定风险（如自负部分医疗费用，但需在法律允许的范围内）可能是合理且合法的。但需注意，这种风险承担应有限度，不能违反法律法规的强制性规定。
员工自愿承担风险：
- 如果员工在充分了解风险后，自愿签订协议承担某些风险，且该协议不违反法律法规的强制性规定，不损害社会公共利益，那么这种风险承担制度是合法且合理的。例如，员工自愿参加企业组织的户外拓展活动，并签署免责协议，承诺在活动中因个人原因造成的伤害自行负责。
二、不合法或不合理的情况
违反法律法规的强制性规定：
- 如果企业制定的风险承担制度违反了法律法规的强制性规定，如要求员工承担本应由企业承担的安全生产责任、工伤保险责任等，那么这种制度是不合法且不合理的。根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《中华人民共和国社会保险法》等相关法律法规，企业有义务为员工提供安全的工作环境、必要的劳动保护用品，并依法购买工伤保险，承担工伤保险责任。
显失公平或欺诈、胁迫：
- 如果企业利用优势地位或员工缺乏经验，制定显失公平的风险承担制度，或者通过欺诈、胁迫等手段迫使员工接受不合理的风险承担条款，那么这种制度也是不合法且不合理的。例如，企业要求员工在入职时签署一份“生死状”，承诺在工作中发生任何事故均自行负责，这种条款显然是显失公平且可能涉及欺诈、胁迫的。
未履行告知义务：
- 如果企业在制定风险承担制度时，未充分履行告知义务，导致员工对风险承担条款存在误解或不知情，那么这种制度同样可能被视为不合法或不合理。企业有义务在制定相关制度时，向员工充分说明风险承担的内容、范围及后果，确保员工在充分了解的基础上做出选择。
三、法律建议
- 对于企业：在制定风险承担制度时，应确保制度内容合法合规，不违反法律法规的强制性规定；同时，应充分履行告知义务，确保员工对风险承担条款有充分了解；此外，还应考虑制度的合理性和公平性，避免制定显失公平或欺诈、胁迫员工的条款。
- 对于员工：在面对企业提出的风险承担制度时，应仔细阅读条款内容，了解自己的权利和义务；如有疑问或不满，应及时与企业沟通协商；如认为制度不合法或不合理，可向相关部门投诉或寻求法律援助。
总之，风险由员工承担的制度是否合理合法，需根据具体情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。