关于“中介给违规补缴社保清退是否合法”这一问题，我们需要从多个角度进行详细分析。
首先，从合法性的角度来看，中介补缴社保的行为本身，在严格遵守法律法规、确保操作合规的前提下，是具备一定合法性的。根据《中华人民共和国社会保险法》，用人单位有义务为其职工按时足额缴纳社会保险费，对于未按时缴纳的部分，确实可以进行补缴。中介机构，如果作为合法的用人单位形式存在，理论上是可以为其员工进行社保补缴的。
然而，关键在于补缴的方式和过程是否合规。如果中介机构通过虚构劳动关系、伪造证明材料等手段进行违规补缴，那么这种行为就明显违反了《社会保险法》及相关税收法规，构成了违法行为。在这种情况下，如果相关部门发现并进行了清退处理，那么这种清退行为是合法的，因为它是基于对违法行为的纠正。
接下来，我们分析安全性方面。选择中介补缴社保存在诸多风险：
资金风险：支付给中介的费用，包括社保补缴本金及可能的高额手续费，如果遇到不良中介，存在卷款跑路的风险，导致经济损失。
信用风险：虚构参保行为一旦被查实，将影响个人或企业的社会信用评级，进而可能影响贷款、出行、企业招投标等多方面。
后续权益风险：通过中介违规补缴获取的社保权益可能不被认可，面临补缴费用被追回、社保待遇取消等后果。
针对这些风险，我们给出以下建议：
优先选择正规渠道：符合补缴条件的个人或企业，建议直接向当地社会保险经办机构申请办理补缴手续，以降低风险。
谨慎选择中介机构：如果确实需要借助中介机构进行补缴，应选择正规、有资质且信誉良好的机构，并详细了解补缴条款和条件。
保留相关证据和文件：在整个补缴过程中，保留好相关证据和文件，以备不时之需，这也是维护自身权益的重要手段。
综上所述，中介给违规补缴社保进行清退，如果清退的是基于违法行为（如虚构劳动关系、伪造证明材料等）的补缴，那么这种清退行为是合法的。同时，我们也提醒个人和企业，在选择中介补缴社保时务必谨慎，充分考虑合法性、安全性和潜在风险等因素，做出明智的决策。