当遇到物权登记和实际权利人不一致的情况时，可以按照以下步骤处理，以保护实际权利人的合法权益：

1. 查明事实原因：

   • 首先，需要调查清楚物权登记和实际权利人不一致是如何产生的。这可能涉及借名登记、登记错误、代持关系、无权处分或隐名投资等多种情形。例如，无购房资格的甲借用有购房资格的乙的名义购买房屋并登记在乙名下，这就是典型的借名登记情况。
   • 收集相关证据，如合同、交易记录、支付凭证、书面协议等，以证明实际权利人的权益。这些证据在后续的处理过程中将起到至关重要的作用。

2. 协商解决：

   • 在查明事实原因后，尝试与登记权利人进行友好协商，说明实际情况和权利主张，争取达成一致意见。
   • 如果双方能达成一致，应签订书面协议，明确房屋的实际归属、办理产权变更登记的相关事宜以及费用承担等。协议签订后，双方应严格履行各自义务。

3. 法律途径解决：

   • 更正登记：如果登记错误是由于登记机构工作人员失误或当事人提供虚假材料导致的，实际权利人可以向不动产登记机构申请更正登记。根据《不动产登记暂行条例实施细则》第八十一条，不动产登记机构发现不动产登记簿记载的事项错误，应当通知当事人在30个工作日内办理更正登记。
   • 异议登记：当利害关系人认为登记簿记载的权利人不同意更正时，可以申请异议登记，以暂时阻断登记的公信力，保护自己的权益。但需注意，异议登记不当造成损害的，应承担赔偿责任。
   • 确权诉讼：如果协商无果，实际权利人可以向人民法院提起确权诉讼，提供充分证据证明自己对房屋享有实际权益。法院将根据双方提供的证据和查明的事实，依法作出判决。
   • 行政复议或行政诉讼：对于登记机构拒绝更正的情况，申请人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求登记机构履行职责。

4. 防范风险：

   • 在处理过程中，实际权利人应关注登记权利人是否擅自处分房屋。如有必要，可以向法院申请财产保全措施，如查封、冻结等，以保障自己的权益不受侵害。
   • 同时，实际权利人应及时行使自己的权利，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。

示例说明： 假设甲借乙的名义购买了一套房屋并登记在乙名下，现在甲希望将房屋过户到自己名下。甲可以首先收集购房款支付凭证、借名买房协议等证据，然后与乙进行协商，说明实际情况和过户意愿。如果乙同意，双方可以签订书面协议并办理过户手续。如果乙不同意，甲可以向不动产登记机构申请更正登记或向人民法院提起确权诉讼，以维护自己的合法权益。

总结与建议： 物权登记和实际权利人不一致的情况需要谨慎对待，并依据具体情况选择合适的解决方式。在整个过程中，证据的收集和保存至关重要。同时，应注重与登记权利人的沟通与协商，以和平方式解决纠纷。如果协商无果，则应及时通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。