当登记股东与实际股东不一致时，实际股东要主张其权利，需要综合考虑内部关系和外部关系，并依据相关法律法规来采取相应措施。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据与处理原则
根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，有限责任公司应当置备股东名册，并明确记载于股东名册的股东可以依股东名册主张行使股东权利。同时，商事外观主义原则也强调，工商登记具有公示公信力，对于外部交易和第三人利益具有保护作用。因此，在处理登记股东与实际股东不一致的问题时，需要平衡实际股东与善意第三人的利益。
二、处理内部关系
存在代持协议的情况：
- 如果实际股东（隐名股东）与登记股东（显名股东）之间有明确的代持协议，那么双方的权利义务应按照协议约定来确定。
- 隐名股东可以依据协议要求显名股东行使股东权利、履行股东义务。如果显名股东违反协议，侵害隐名股东权益，隐名股东有权向法院提起诉讼，要求显名股东承担违约责任并赔偿损失。
无代持协议但实际履行股东权利义务的情况：
- 如果隐名股东实际参与了公司经营、行使了股东权利并承担了股东义务，且其他股东知晓并认可这一事实，那么法院一般会认定其股东身份。
- 隐名股东可以通过收集出资记录、经营决策文件等证据，向法院提起确权之诉，请求确认其股东身份。
股东身份变更登记：
- 如果实际股东希望将其股东身份进行工商变更登记，需要经公司其他股东半数以上同意，并按公司登记机关要求提交相关材料办理变更手续。
三、处理外部关系
对于善意第三人：
- 基于商事外观主义原则，善意第三人基于工商登记与显名股东进行的交易受法律保护。
- 如果显名股东将股权转让给善意第三人，且第三人不知股权存在代持情况，那么股权转让行为有效。隐名股东不能主张转让无效，只能要求显名股东赔偿损失。
对于公司债权人：
- 当公司对外负债时，债权人有权要求工商登记的股东在未出资或未足额出资范围内对公司债务承担补充赔偿责任。
- 显名股东不能以存在代持关系为由对抗债权人。如果显名股东承担了责任，可以依据代持协议向隐名股东追偿。
四、具体操作步骤与注意事项
查明原因：
- 实际股东应查阅公司章程、股东会决议、出资证明书、股东名册及工商登记资料，确认登记股东与实际股东不一致的原因。
申请更正或办理变更登记：
- 如果是因为工商登记错误导致的不一致，实际股东应及时向工商登记机关申请更正并提交证明材料。
- 如果是因为股权转让等合法原因导致的不一致，应尽快办理工商变更登记手续。
日常管理：
- 公司应加强股东名册和工商登记的管理，确保准确性和一致性，避免纠纷。
- 涉及股东权益纠纷时，实际股东可寻求专业律师协助，通过法律途径解决争议。
综上所述，当登记股东与实际股东不一致时，实际股东要主张其权利，需要综合考虑内部关系和外部关系，并依据相关法律法规来采取相应措施。通过查明原因、申请更正或办理变更登记、加强日常管理等步骤，可以确保实际股东的合法权益得到妥善保护。