结论：公司规定工作日每天工作6小时，超出部分是否算加班，需结合具体情况判断，主要取决于劳动合同、公司规章制度以及实际工作安排是否符合法律规定。以下从不同角度详细分析：

1. 法律规定的标准工时

根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。同时，《国务院关于职工工作时间的规定》第三条明确，职工每日工作8小时、每周工作40小时。若公司规定每日工作6小时，未超过法定标准，但超出部分是否算加班需看具体安排：

• 若劳动合同或规章制度明确每日工作6小时，且未安排补休或支付加班费：超出部分属于加班，公司需按法律规定支付加班费（平日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍工资）。
• 若劳动合同或规章制度未明确每日工作时长，但实际安排员工工作超过6小时：超出部分同样属于加班，需支付加班费或安排补休。

2. 综合计算工时制与不定时工时制的例外

若公司经劳动行政部门批准实行综合计算工时制或不定时工时制，超出部分可能不按常规加班计算：

• 综合计算工时制：以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，平均每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过40小时即可。例如，某公司实行以周为周期的综合工时制，员工某周工作42小时（每日6小时×7天），虽单日未超8小时，但周总时长超2小时，这2小时需按1.5倍支付加班费。
• 不定时工时制：适用于高管、外勤、推销等无法按标准工时衡量的岗位，一般不计算加班费。但需注意，法定节假日工作仍需支付3倍工资。

3. 公司规章制度与劳动合同的效力

公司规章制度或劳动合同中关于工作时间的约定需符合法律规定，否则无效：

• 若规章制度或合同约定每日工作6小时，但实际执行中强制员工工作更长时间：超出部分属于加班，员工可要求公司支付加班费或补休。
• 若规章制度或合同约定“超出6小时部分算自愿加班”：此类条款可能因排除劳动者权利而被认定无效，员工仍有权主张加班费。

4. 实务建议

• 对员工：保留考勤记录、工资条、加班通知等证据，若公司未支付加班费，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对公司：制定规章制度时需明确工作时间、加班审批流程及加班费计算标准，避免因程序瑕疵引发纠纷。

总结：公司规定每日工作6小时，超出部分是否算加班需结合劳动合同、工时制度及实际安排判断。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您分析维权路径。