结论：公司对员工上班偷拿公司东西价值不足200元却罚款5000元的做法是不合法的，员工有权拒绝支付不合理罚款，并可通过合法途径维护自身权益。

分析如下：

1. 罚款的合法性：

   • 根据我国相关法律规定，用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权，因此无权对员工进行罚款。即使员工存在偷拿公司财物的行为，公司也应通过合法途径解决，如报警处理或依据公司规章制度进行相应处理，但罚款金额需合理且符合法律规定。

2. 罚款金额的合理性：

   • 即便公司内部规章制度中有关于员工违纪罚款的规定，罚款金额也应与员工违纪行为的情节、后果及员工的收入水平相适应。在此案例中，员工偷拿的财物价值不足200元，而公司却罚款5000元，显然罚款金额过高，不合理且可能违法。

3. 员工的权益保护：

   • 员工有权拒绝支付不合理的罚款。如果公司坚持要求员工支付，员工可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对公司进行查处，并要求公司退还非法罚款。
   • 员工还可以考虑通过法律途径解决，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

4. 公司的正确做法：

   • 对于员工偷拿公司财物的行为，公司应首先进行调查取证，确认事实真相。
   • 如果确实存在违纪行为，公司可以根据内部规章制度进行相应处理，如警告、记过、解除劳动合同等，但罚款金额需合理且符合法律规定。
   • 如果员工的行为涉嫌犯罪，公司应及时报警，由公安机关依法处理。

建议：

• 你可以先与公司进行沟通，说明罚款的不合理性，并要求公司退还非法罚款。
• 如果公司拒绝退还，你可以向当地劳动监察部门投诉，或考虑通过法律途径解决。
• 在处理此类问题时，建议保留好相关证据，如公司罚款通知、工资条、工作记录等，以便在需要时提供证明。

后续行动：

• 如果你决定采取法律途径维护自己的权益，可以准备相关证据材料，并向劳动争议仲裁委员会或人民法院提交申请或起诉状。
• 在整个过程中，保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。

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