结论：招标文件没有约定保函，后续签订的保函在符合法律规定和双方真实意愿的情况下，通常是有效的。但具体效力还需根据保函的内容、签订过程以及相关法律法规进行综合判断。
分析说明：
合同自由原则：
- 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。这意味着，只要双方当事人的意思表示真实、一致，且不违反法律、行政法规的强制性规定，他们就有权自由约定合同的内容，包括保函的签订。
- 因此，即使招标文件没有约定保函，双方当事人在后续协商中达成一致并签订保函，只要该保函不违反法律法规的强制性规定，就应当被视为有效。
保函的合法性：
- 保函作为一种担保方式，其合法性主要取决于其内容是否合法、是否违反公序良俗以及是否损害国家、集体或第三人的利益。
- 如果保函的内容合法，且双方当事人在签订时均具有相应的民事行为能力，意思表示真实，那么该保函就应当被认定为有效。
保函与招标文件的关系：
- 招标文件通常是招标人向潜在投标人发出的邀请，其中包含了招标项目的各项要求和条件。然而，招标文件并不是合同本身，它只是合同订立前的一个要约邀请。
- 因此，即使招标文件没有约定保函，这并不意味着双方不能在后续签订保函。保函的签订是双方当事人基于新的合意而达成的协议，与招标文件的内容无直接关联。
可能存在的风险：
- 尽管后续签订的保函在符合法律规定和双方真实意愿的情况下通常是有效的，但仍然存在一些潜在的风险。例如，如果保函的内容与招标文件中的某些条款存在冲突或矛盾，可能会导致双方在执行过程中产生争议。
- 此外，如果保函的签订过程中存在欺诈、胁迫等不正当手段，或者保函的内容违反了法律法规的强制性规定，那么该保函可能会被认定为无效。
法律建议：
- 在签订保函前，双方当事人应当仔细审查保函的内容，确保其合法、合规且符合双方的真实意愿。
- 如果招标文件中有关于担保的条款或要求，双方当事人在签订保函时应当考虑这些条款或要求，以避免产生不必要的争议。
- 在签订保函时，建议双方当事人咨询专业律师的意见，以确保保函的合法性和有效性。
后续行动：
- 如果您在签订或执行保函过程中遇到任何问题或争议，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。