在建设工程合同中，项目交保证金又有预付款的情况，本身并不违法，但具体是否合法需结合合同条款、双方约定及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 保证金与预付款的法律性质

• 保证金：通常是为了确保承包人履行合同义务（如按时完工、保证工程质量等）而由发包人收取的一笔款项。如果承包人违约，发包人有权扣除保证金作为赔偿。保证金的形式多样，如履约保证金、质量保证金等，其性质属于担保范畴，受《民法典》中担保制度相关条款的调整。
• 预付款：是发包人在合同签订后、工程开工前，提前支付给承包人的一部分款项，用于承包人购置材料、设备或组织施工等前期准备工作。预付款的性质属于工程款的一部分，其支付和扣回通常会在合同中明确约定。

2. 保证金与预付款并存是否合法

• 合同自由原则：根据《民法典》的相关规定，合同双方有权在平等、自愿的基础上约定合同内容，包括保证金的支付和预付款的安排。因此，只要双方协商一致，且合同条款不违反法律、行政法规的强制性规定，保证金与预付款并存是合法的。
• 合法性判断：判断保证金与预付款并存是否合法，关键在于合同条款是否明确、合理，以及是否损害了任何一方的合法权益。例如，如果保证金数额过高，导致承包人资金压力过大，可能被视为显失公平；如果预付款的支付和扣回条款不明确，可能引发纠纷。

3. 实际操作中的注意事项

• 合同条款明确：在签订建设工程合同时，应明确约定保证金的数额、支付方式、扣回条件及预付款的支付比例、时间、扣回方式等条款，以避免后续纠纷。
• 资金监管：对于保证金和预付款的资金监管，双方可以约定由第三方机构进行托管，确保资金的安全和合规使用。
• 风险防范：承包人应评估自身资金实力，避免因保证金和预付款的支付导致资金链断裂；发包人则应确保保证金的数额合理，避免过度占用承包人资金。

4. 可能的法律后果

• 如果合同条款合法有效：双方应按照合同约定履行义务，任何一方违约都应承担相应的法律责任。
• 如果合同条款违法或显失公平：受损方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销合同条款，并要求对方承担赔偿责任。

建议：在签订建设工程合同时，双方应充分协商，明确保证金和预付款的相关条款，并确保合同条款的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。