是否需要预付款保函与履约保证金无直接关系，两者可以并存，且均合法。具体分析如下：
一. 履约保证金与预付款保函的概念及作用
- 履约保证金：是指为合同的履行所提供的一种金钱保证，通常在合同签订或履行前支付，以确保合同当事人按约履行其义务。它在一定程度上可以促使承包人履行合同的各项义务，并保障发包人的权益。
- 预付款保函：又称还款保函或预付保函，是指担保人（银行、保险公司或专业担保公司）应申请人的要求，向受益人（通常是买方或业主）开具备用信用证或保证书，当申请人未能履约或未能全部履约时，担保人承诺按照备用信用证或保证书的规定退还预付款及利息。这主要是为了确保预付款的安全，降低受益人的风险。
二. 两者的关系及合法性
- 关系：履约保证金和预付款保函都是合同履行过程中的一种保障措施，但它们的性质、作用及支付方式不同。履约保证金是合同当事人之间的一种直接金钱保证，而预付款保函则是由第三方（如银行、保险公司等）提供的担保。
- 合法性：根据相关法律法规，如《中华人民共和国合同法》等，并未明确禁止履约保证金与预付款保函的并存。因此，在合同中同时约定履约保证金和预付款保函是合法的，且两者可以相互补充，共同为合同的履行提供保障。
三. 实际应用
- 在实际合同中，是否需要同时约定履约保证金和预付款保函，应根据合同的性质、金额、履行难度及双方的风险承受能力等因素综合考虑。例如，在大型工程项目或国际贸易中，由于合同金额大、履行周期长、风险较高，因此可能会同时采用履约保证金和预付款保函等多种保障措施。
我建议：在签订合同时，应明确约定履约保证金和预付款保函的具体条款，包括金额、支付方式、返还条件及违约责任等，以确保双方权益得到充分保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。