结论：外包公司拖欠工资，甲方垫付工资时扣除罢工那天的工资是否合理，需分情况讨论，若罢工行为合法且符合相关规定，则扣除不合理；若罢工行为违法或违反相关规定，则扣除可能具有一定合理性，但具体还需结合实际情况和法律规定判断。以下为详细分析：
一、罢工行为的合法性分析
合法罢工：
- 在某些国家或地区，罢工是劳动者的一项合法权利，但通常需要满足一定的条件，如提前通知雇主、遵守罢工程序等。若罢工行为符合当地法律法规的规定，且未造成严重后果，那么罢工本身不应成为扣除工资的理由。
- 在我国，虽然《劳动法》和《劳动合同法》并未明确赋予劳动者罢工的权利，但在特定情境下，如用人单位存在严重违法行为（如拖欠工资、未提供劳动安全卫生条件等），劳动者通过集体行动（包括罢工）来维护自身权益，可能被视为一种合理的抗争方式。然而，这并不意味着罢工行为本身完全合法，而是需要结合具体情况和法律规定来判断。
非法罢工：
- 若罢工行为违反了当地法律法规的规定，如未提前通知雇主、造成严重后果等，那么罢工行为可能被视为非法。在此情况下，用人单位或甲方可能有权根据相关规定对罢工者进行处罚，包括扣除工资等。
二、甲方垫付工资的性质与扣除的合理性
甲方垫付工资的性质：
- 甲方垫付工资通常是在外包公司拖欠工资的情况下，为了保障劳动者的基本生活需求而采取的一种临时措施。垫付工资并不改变劳动者与外包公司之间的劳动关系，也不意味着甲方承担了外包公司的全部或部分债务。
扣除罢工那天工资的合理性：
- 若罢工合法：若罢工行为合法且符合相关规定，那么甲方扣除罢工那天的工资可能缺乏法律依据。因为罢工是劳动者在特定情境下维护自身权益的一种方式，且未违反法律法规的规定，所以不应因此受到经济处罚。
- 若罢工非法：若罢工行为违法或违反相关规定，那么甲方扣除罢工那天的工资可能具有一定合理性。但即便如此，扣除的金额和方式也需要符合相关法律法规的规定，不能随意扣除或超额扣除。
三、实际操作中的建议
核实罢工行为的合法性：
- 在处理此类纠纷时，首先需要核实罢工行为的合法性。这包括了解当地法律法规对罢工行为的规定、罢工是否符合相关程序和要求等。
审查甲方扣除工资的依据：
- 审查甲方扣除罢工那天工资的依据是否充分、合法。这包括查看相关合同、协议或规章制度中是否有关于扣除工资的规定，以及这些规定是否符合法律法规的要求。
协商与调解：
- 在纠纷发生后，建议劳动者与甲方、外包公司进行协商和调解。通过沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案，避免纠纷进一步升级。
寻求法律援助：
- 若协商和调解无果，劳动者可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁机构申请仲裁。在仲裁过程中，需要提供充分的证据来证明自己的权益受到了侵害，并请求仲裁机构依法作出裁决。
最后，关于此类劳动纠纷问题，若你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况和当地法律法规的规定，为你提供专业、全面的法律建议。