针对您农田被村做水淹沟侵占且事后不承认、国土局未有效解决的情况，可按以下步骤处理：

1. 固定证据链

   • 现场证据：立即对被侵占农田进行全方位取证，包括但不限于：
     
     • 拍摄高清照片/视频（需显示时间、地点水印），重点记录水淹沟位置、农田现状、与周边地物的相对位置关系；
       
     • 绘制现场示意图，标注农田边界、水淹沟走向及尺寸，必要时可委托测绘机构出具专业测绘报告；
       
     • 收集被侵占前农田的原始资料（如土地承包合同、土地权属证书、历年种植记录等），证明农田原有状态。
       
   • 证人证言：寻找目击者（如邻居、村民）出具书面证言，证明水淹沟系村集体施工且侵占农田的事实，证人需签字并按手印。
     
   • 沟通记录：保存与村集体、国土局沟通的书面材料（如书面申请、回复函）、录音/录像等，证明您已主动维权但未获解决。

2. 明确行政救济途径

   • 复议前置：若国土局未履行法定职责（如未调查、未出具书面处理意见），可向其上级部门（如市自然资源局）或同级政府申请行政复议，要求责令国土局履行职责。
     
   • 行政诉讼：若复议未果或国土局明确拒绝处理，可向法院提起行政诉讼，起诉国土局不作为，同时可追加村集体为第三人，要求法院确认村集体侵占行为违法并责令恢复原状。
     
   • 关键点：行政救济需在知道国土局不作为之日起6个月内提出（行政诉讼）或60日内提出（行政复议），逾期可能丧失权利。

3. 民事索赔路径

   • 侵权之诉：若村集体侵占行为导致农田无法耕种、产量减少等直接经济损失，可向法院提起民事侵权诉讼，要求村集体赔偿损失（需提供损失计算依据，如评估报告、历年收益证明等）。
     
   • 物权保护：依据《民法典》第2三十六条，您作为土地承包经营权人，有权要求村集体停止侵害、排除妨碍、返还土地并恢复原状。

4. 其他辅助措施

   • 媒体监督：在合法合规前提下，通过当地媒体或政务平台曝光问题，施加舆论压力，促使相关部门重视并介入。
     
   • 联合维权：若其他村民也存在类似遭遇，可联合起来共同维权，形成群体效应，提高问题解决效率。

行动建议：

• 优先通过行政复议/诉讼推动国土局履职，同时准备民事诉讼材料；
  
• 证据固定需及时、全面，避免因时间推移导致证据灭失；
  
• 维权过程中保持理性，避免与村集体发生直接冲突，所有沟通均留存书面记录。
  

如需进一步分析证据效力或起草法律文书，可随时向我咨询具体问题。