核心结论：针对邻居将条田沟填平种地导致您农田被淹的问题，您可以通过协商、向基层组织或行政部门求助、提起民事诉讼三种途径解决，以下为具体分析：

1. 协商解决
   首先建议与邻居直接沟通，明确指出其行为已侵害您的合法权益（如《民法典》第288条规定的相邻关系处理原则：不动产权利人应正确处理相邻关系，避免给相邻方造成损害）。要求其恢复条田沟原状或赔偿损失，并保留书面沟通记录（如短信、录音）作为后续维权证据。若对方态度积极，可签订书面协议明确整改期限和赔偿标准。

2. 基层组织或行政部门介入
   若协商无果，可向以下机构求助：

   • 村委会/居委会：请求调解并出具调解记录，部分地区村委会对农田水利设施有管理职责；
     
   • 乡镇水利站或农业农村办：举报邻居破坏农田水利设施的行为，要求行政机关责令整改（依据《农田水利条例》第23条，任何单位和个人不得擅自占用农业灌溉水源、灌排工程设施）；
     
   • 自然资源局：若条田沟属于集体所有或国家所有的水利设施，可举报非法占用行为。

3. 民事诉讼途径
   若上述方式无效，可向法院提起相邻权纠纷诉讼，主张：

   • 停止侵害：要求邻居恢复条田沟排水功能；
     
   • 赔偿损失：提供农田受损证据（如作物减产鉴定报告、照片、视频、气象证明等），计算直接经济损失（如补种费用、产量损失）及间接损失（如误工费）；
     
   • 诉讼时效：注意在知道权益受损之日起3年内起诉（《民法典》第188条）。

关键证据收集建议：

• 农田被淹前后的对比照片/视频，显示条田沟被填平的状态；
  
• 气象部门出具的降雨量证明，排除自然灾害因素；
  
• 农业技术部门出具的作物损失评估报告；
  
• 证人证言（如其他村民目击邻居填沟行为）。

风险提示：
若条田沟属于历史形成的公共排水通道，邻居私自填平可能涉及违反《土地管理法》第14条（农民集体所有的土地由本集体经济组织成员承包经营，不得改变土地用途）及《水法》第65条（未经批准擅自填堵河道、沟渠的，由县级以上人民政府水行政主管部门责令停止违法行为）。行政机关查处后，您仍可就民事赔偿部分单独起诉。

建议优先通过行政投诉推动整改，同步准备诉讼材料，形成“行政+司法”双重压力。如有进一步证据或程序疑问，可随时补充说明具体情况，我会为您细化应对方案。