结论：在被告申请调查令且调查出的证据真实的情况下，这些证据仍然会进行质证。
详细分析：
质证的定义与目的：
- 质证是法庭审理过程中的一个重要环节，它允许双方当事人对对方提出的证据进行质疑、辩驳，以确认证据的真实性、合法性和关联性。
- 质证的目的是确保法庭能够基于真实、合法、相关的证据作出公正的裁决。
调查令的作用与证据的真实性：
- 调查令是法庭为了查明案件事实，授权一方当事人或其代理人向有关单位或个人调查收集证据的命令。
- 当被告申请调查令并成功获取证据后，这些证据的真实性需要经过质证环节来确认。即使证据看似真实，也需要通过质证来排除合理怀疑，确保其作为定案依据的可靠性。
质证流程的必要性：
- 无论证据是通过何种方式获取的，包括通过调查令，都必须经过质证流程。这是法律程序公正性的体现，也是保障当事人合法权益的重要措施。
- 在质证过程中，双方当事人可以就证据的真实性、合法性、关联性进行辩论，法庭则根据辩论情况对证据进行认定。
可能的情况与应对：
- 如果调查令获取的证据真实且合法，且与案件具有关联性，那么这些证据在质证后很可能会被法庭采纳作为定案依据。
- 如果证据存在瑕疵或疑问，或者对方当事人提出有效反驳，那么法庭可能会对这些证据不予采纳或要求进一步补充证据。
法律建议：
- 作为当事人，在面对对方通过调查令获取的证据时，应积极准备质证材料，对证据的真实性、合法性、关联性进行充分辩论。
- 如果认为证据存在问题或瑕疵，应及时向法庭提出异议，并要求对方进行解释或补充证据。
- 在整个质证过程中，保持冷静、理性，遵循法庭程序，确保自己的合法权益得到有效维护。
后续行动依据：
- 质证结果是法庭裁决的重要依据之一。因此，当事人应高度重视质证环节，充分准备，确保自己的观点得到充分表达。
- 如果对质证结果有异议，可以在法庭裁决后依法提出上诉或申请再审等法律救济途径。
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