在合同中约定两个管辖法院，其效力需根据具体情况判断，但总体而言，在符合法律规定的前提下，这样的约定是有效的。以下是对此问题的详细分析：
有效情形
与争议有实际联系：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。因此，如果约定的两个法院均与争议有实际联系，且不违反级别管辖和专属管辖的规定，该约定是有效的。
- 实例说明：在跨地区买卖合同中，双方约定合同签订地和合同履行地的法院均有管辖权。当发生争议时，原告可以选择其中一个法院进行起诉，该约定是有效的。
明确且具体：
- 管辖协议应明确、具体，确保在实际操作中能够确定具体的管辖法院。如果约定了两个法院，但原告能够明确选择其中一个法院进行起诉，该约定也是有效的。
无效情形
违反专属管辖：
- 如果约定的法院中包括违反专属管辖规定的法院，如不动产纠纷应由不动产所在地法院专属管辖，而约定中却包含了其他无关法院，则该部分约定无效。
- 实例说明：甲和乙就A市房产所有权归属产生纠纷，双方约定由各自所在地法院管辖。由于房产纠纷属于不动产纠纷，应由不动产所在地（A市）法院专属管辖，因此该约定无效。
约定不明确或无法确定：
- 如果约定的两个法院不明确，导致无法确定具体的管辖法院，该约定可能被认定为无效。例如，仅约定“由双方所在地法院管辖”而未明确具体地点，这种模糊的约定可能无效。
- 实例说明：在一份合同中，双方约定“因本合同产生的争议，由双方所在地法院管辖”，但未明确双方所在地的具体地点。当发生争议时，由于无法确定具体的管辖法院，该约定可能被视为无效。
违反级别管辖：
- 级别管辖是指按照一定标准划分上下级法院受理第一审民事案件的分工和权限。如果约定的管辖法院违反了级别管辖的规定，该约定也无效。
- 实例说明：重大涉外案件或在本辖区有重大影响的案件应由中级人民法院管辖，若当事人在协议中约定由基层法院管辖，则该约定因违反级别管辖规定而无效。
注意事项与实践指导
- 明确性：在约定管辖法院时，应确保协议明确、具体，避免使用模糊或不确定的表述。
- 实际联系：约定的法院必须与争议有实际联系，如合同签订地、履行地等，以确保约定的合法性。
- 形式要求：管辖协议必须为要式行为，即必须符合法律规定的形式（如书面形式）才属有效约定。
- 不违反级别管辖和专属管辖：这是管辖协议有效性的前提，任何违反这些规定的约定都将被视为无效。
处理方式
- 当出现约定两个管辖法院且引发争议时，法院会首先审查该约定是否符合法律规定。如果符合法律规定且原告已明确选择其中一个法院起诉，则该法院可依法受理并审理案件。
- 如果约定无效（如违反专属管辖、约定不明确等），则会根据法律关于管辖的一般规定来确定管辖法院，通常会依据被告住所地、合同履行地等法定因素来确定。
综上所述，当事人在合同中约定两个管辖法院时，应确保约定符合相关法律规定，以确保管辖协议的有效性和可操作性。在实际应用中，这有助于减少管辖争议，提高诉讼效率。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。