若合同内工程未完工即进入仲裁程序，核心处理原则为：依据合同条款、实际履行情况及法律规定，通过仲裁庭裁决明确双方权利义务，并可主张继续履行、赔偿损失或解除合同等救济措施。具体分析如下：

1. 仲裁程序启动的合法性
   根据《仲裁法》第16条，仲裁协议需具备“请求仲裁的意思表示”“仲裁事项”“选定的仲裁委员会”三要素。若合同中已约定仲裁条款，且争议属于仲裁范围（如工程款支付、质量纠纷、工期延误等），则任何一方均有权直接向约定的仲裁委员会申请仲裁，无需以工程完工为前提。
   关键点：仲裁协议的效力是程序启动的核心，需优先审查合同条款及双方是否签署补充协议变更争议解决方式。

2. 未完工工程下的仲裁请求类型

   • 继续履行请求：若承包方因非自身原因（如发包方未支付进度款、设计变更导致停工）被迫停工，可依据《民法典》第577条主张继续履行合同，并要求发包方提供施工条件或支付已完工部分款项。
     
   • 赔偿损失请求：若因一方违约导致工程停滞，守约方可主张赔偿实际损失（如材料浪费、设备闲置费用）及预期利益损失（如未完工部分的预期利润）。
     
   • 解除合同请求：若合同目的已无法实现（如发包方明确表示不再继续施工），可依据《民法典》第563条主张解除合同，并要求违约方承担违约责任。
     关键点：需结合合同约定（如付款节点、工期条款）及实际履行情况（如停工原因、已完工工程量）固定证据，以支撑仲裁请求。

3. 仲裁庭对未完工工程的处理方式

   • 工程量鉴定：仲裁庭可能委托第三方机构对已完工部分进行造价鉴定，以确定应付工程款。
     
   • 责任划分：根据双方过错程度（如发包方是否按时支付、承包方是否按图施工）分配责任，例如若停工系因发包方未支付30%进度款导致，则发包方需承担主要责任。
     
   • 裁决类型：可能裁决继续履行合同并设定履行期限，或裁决解除合同并明确赔偿金额，或裁决支付已完工工程款及利息。
     关键点：仲裁裁决具有终局性，双方需严格履行；若一方不履行，另一方可向法院申请强制执行。

4. 实务建议

   • 证据固定：立即整理合同、付款凭证、施工日志、沟通记录（如微信、邮件）等证据，证明己方履约情况及对方违约事实。
     
   • 仲裁申请书撰写：明确仲裁请求（如“请求裁决被申请人支付工程款XX元及违约金XX元”）、事实与理由（结合合同条款及证据），并附证据清单。
     
   • 参与仲裁程序：按时提交答辩状、参加庭审、接受质证，避免因程序瑕疵导致不利后果。
     

若您面临此类纠纷，可直接向我提供合同文本、停工原因、已完工证据等材料，我将结合具体条款及法律规定，为您制定仲裁策略并起草法律文书。