关于公司承诺的毛利额提成是否要扣除运费的问题，这并非一个简单的合法与否的判断，而是需要依据具体的合同条款以及相关法律法规来综合分析。以下是我从不同角度为你进行的详细分析：

1. 合同条款的约定：

   • 首先，要查看你与公司签订的合同中，是否有明确关于毛利额提成计算方式的条款。如果合同中明确规定了提成是基于扣除运费后的毛利额来计算，那么公司扣除运费就是合法的，因为这是双方合同约定的内容。
   • 如果合同中没有明确提及是否扣除运费，或者表述模糊，那么就需要进一步分析合同的其他条款以及双方的实际交易习惯，以确定提成的计算基础。

2. 相关法律法规的适用：

   • 在没有具体合同条款约定的情况下，我们需要参考相关的法律法规。一般来说，提成属于劳动报酬的一部分，其计算方式应当遵循公平、合理的原则。
   • 如果公司扣除运费导致你的提成显著减少，且这种扣除没有合理的商业理由或法律依据，那么这种扣除可能被视为不公平的待遇，你有权提出异议。

3. 实际交易习惯与行业惯例：

   • 除了合同条款和法律法规外，实际交易习惯和行业惯例也是判断提成计算方式是否合理的重要因素。
   • 如果行业内普遍采用扣除运费后计算毛利额提成的做法，且这种做法在你们的交易中也被双方所接受，那么公司扣除运费就是合理的。
   • 反之，如果行业内没有这样的惯例，或者公司之前从未扣除过运费，现在突然扣除，那么这种做法可能缺乏合理性。

4. 可能的法律后果与建议：

   • 如果公司未经你同意擅自扣除运费，导致你的提成减少，你可以首先与公司进行协商，要求公司按照合同约定或行业惯例支付提成。
   • 如果协商无果，你可以考虑向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

总结与建议：

• 在处理这类问题时，我建议你首先仔细审查合同条款，了解双方的权利和义务。
• 同时，收集相关证据，如交易记录、行业惯例资料等，以支持你的主张。
• 如果对合同条款或相关法律法规有疑问，或者需要进一步的法律帮助，你可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律意见。