结论：公司发提成扣5个点的税费是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况判断，主要看所扣税费是否符合国家税收法律法规规定以及公司内部合法有效的规章制度。以下从不同角度详细分析：
从国家税收法律法规角度
- 个人所得税层面
- 根据我国个人所得税法规定，个人取得提成收入属于工资、薪金所得或者劳务报酬所得等应税项目，应当依法缴纳个人所得税。公司作为扣缴义务人，有义务按照税法规定代扣代缴个人所得税。
- 个人所得税的计算是按照一定的税率和速算扣除数进行的，税率从3%到45%不等，具体取决于收入金额。如果公司扣除的5个点税费恰好是按照税法规定计算出的应代扣代缴的个人所得税金额，那么这种扣除是合法的。例如，某员工当月提成收入为5000元，根据个人所得税税率表计算，应缴纳的个人所得税可能刚好是250元（5000×5% ，此处仅为简单示例，实际计算更复杂），此时公司扣除5个点税费就是合法的。
- 但是，如果公司扣除的5个点税费高于按照税法规定计算出的应代扣代缴的个人所得税金额，那么多扣除的部分就不合法。比如，员工提成收入应缴纳个人所得税为200元，公司却扣除500元（提成收入的10个点），这多扣除的300元就缺乏法律依据。
- 其他税费层面
- 除了个人所得税，一般情况下提成收入不会涉及其他需要由公司代扣代缴的税费。如果公司以其他名义扣除税费，如所谓的“增值税附加”等，这通常是不合法的。因为增值税及其附加是由销售货物或者提供劳务的单位和个人缴纳，员工取得的提成并非直接的销售收入，不涉及增值税及其附加的缴纳义务，公司无权以此为由扣除税费。
从公司内部规章制度角度
- 合法有效的规章制度
- 如果公司通过民主程序制定了合法有效的薪酬制度，明确规定提成收入需要扣除一定比例的税费，且该扣除比例符合国家税收法律法规的规定，那么公司按照制度扣除5个点税费是合法的。例如，公司工会或者职工代表大会讨论通过了薪酬制度，其中规定提成收入扣除5个点作为个人所得税的预扣预缴（且实际计算与税法规定相符），这种情况下公司的扣除行为具有合法性。
- 违法或无效的规章制度
- 若公司的规章制度违反了国家税收法律法规的强制性规定，或者制定程序不合法（如未经民主程序讨论通过），那么即使规章制度中规定了提成扣除5个点税费，这种扣除也是不合法的。比如，公司单方面制定制度规定提成扣除5个点作为“公司管理费”，这既不符合税法规定，也未经过合法程序，员工可以拒绝这种扣除。
建议：如果你遇到公司发提成扣5个点税费的情况，可以先要求公司出具扣除税费的具体依据和计算方式，核对是否符合国家税收法律法规的规定。如果对公司的扣除行为有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你详细分析并提供合理的解决方案。