没有结婚证但有两个孩子的情况下，起诉是有效的。这种情况主要涉及非婚生子女的抚养权判定及相关权益保护，以下从多个角度为你详细分析：
一、孩子的法律地位
非婚生子女与婚生子女享有同等的权利，这是由《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条明确规定的。这意味着，尽管父母双方未办理结婚登记，但孩子们的法律权益同样受到保护，包括抚养权、继承权等。
二、抚养权的判定
协商优先：
- 双方父母应首先尝试通过协商解决抚养问题。如果双方能够就抚养权达成一致意见，可以签订抚养协议，明确各自的权利和义务。这种方式既体现了双方的意愿，也有利于子女的成长和发展。
诉讼解决：
- 如果协商不成，任何一方都可以向人民法院提起诉讼，请求法院对抚养权进行判决。
- 不满两周岁的子女：原则上由母亲直接抚养，因为这一阶段的孩子更需要母亲的细致照顾和陪伴。特殊情况下（如母亲患有久治不愈的传染性疾病、有抚养条件不尽抚养义务等），孩子也可能判给父亲抚养。
- 已满两周岁的子女：法院会根据父母的经济状况、居住条件、教育程度、与孩子的亲密关系等多种因素进行综合判断。经济条件较好且稳定、能够为孩子提供良好生活和学习环境的一方，以及长期陪伴孩子、与孩子建立了深厚感情的一方，在抚养权争夺中会更具优势。若一方存在不良嗜好或暴力倾向等不利于孩子身心健康成长的因素，其获得抚养权的几率会降低。
- 已满八周岁的子女：法院会尊重孩子的真实意愿，考虑他们希望跟随哪一方生活的想法。
- 特殊情况：在有两个孩子的情况下，法院可能会考虑让男女双方各抚养一个孩子，但具体判决还会基于孩子的年龄、健康状况、父母的抚养能力和条件等多种因素。如果其中一方明显更有利于两个孩子的成长，例如有稳定的住所、良好的教育条件等，那么这一方有可能获得两个孩子的抚养权。
三、抚养费与探视权
- 抚养费：不直接抚养孩子的一方需要支付抚养费，数额一般根据孩子的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平确定。通常是按月收入的一定比例支付，有固定收入的，一般可按月总收入的百分之二十至三十的比例给付；负担两个以上子女抚养费的，比例可适当提高，但一般不得超过月总收入的百分之五十。无固定收入的，则依据当年总收入或同行业平均收入参照上述比例确定。
- 探视权：法院会安排探视权，以确保未直接抚养孩子的一方能够与孩子保持情感交流，促进孩子的健康成长。
四、其他相关事宜
- 财产分割：同居期间产生的财产分割问题需要根据具体情况来处理。一般来说，同居期间的财产会按照共同共有来处理，但如果有证据证明是某一方个人所有的财产，则归该方所有。
- 共同债务：对于同居期间产生的共同债务，双方也需要共同承担。
五、起诉流程与注意事项
- 起诉流程：如果决定通过诉讼解决抚养问题，你需要准备相关证据材料，如孩子的出生证明、你的收入证明、居住证明等，以证明你的抚养能力和条件。然后，向有管辖权的人民法院提起诉讼，并按照法院的要求参与诉讼过程。
- 注意事项：在诉讼过程中，要保持冷静和理性，尊重法院的判决结果。如果不服判决，可以在法定期限内提起上诉。同时，要关注孩子的身心健康和成长需求，尽量减少诉讼对孩子的影响。
总结与建议：没有结婚证但有两个孩子的情况下，起诉是有效的。法院会依据相关法律法规和孩子的最佳利益原则来判定抚养权归属、抚养费支付、探视权以及其他相关事宜。我建议你先尝试与对方协商解决抚养问题，如果协商不成再考虑通过诉讼解决。在诉讼过程中，要准备充分的证据材料并积极参与诉讼过程。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。