企业之所以可以迟到扣工资，主要基于以下法律框架和合理操作，但必须严格遵循相关条件：
法律依据的支撑：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十三条，虽然用人单位不得无故克扣劳动者工资，但并未完全禁止因劳动者违规行为导致的合理罚款。
- 《工资支付暂行规定》第十五条及第十六条进一步明确了，用人单位可依法制定包含罚款制度的规章制度，且因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，可按劳动合同约定赔偿，从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
规章制度的合法性：
- 企业要扣迟到员工的工资，首先必须制定合法有效的规章制度。这些规章制度应明确将迟到列为违纪行为，并设定合理的扣薪标准。
- 规章制度的制定需遵循《劳动合同法》第四条的规定，即应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保内容合法、合理。同时，规章制度制定后，应通过公告栏张贴、组织员工培训学习、让员工签署知晓确认书等方式，确保员工充分了解并知晓迟到会被扣工资以及具体的扣薪规则。
扣薪幅度的合理性：
- 扣薪幅度应保持在合理范围内，不能因迟到一次就扣除过多工资，以免影响劳动者的基本生活。例如，如果员工月工资为5000元，那么因迟到一次扣除的工资不应超过1000元（即20%），且扣除后剩余工资应不低于当地月最低工资标准。
- 扣除的工资数额应与迟到给公司造成的实际损失相当。如果迟到并未给公司造成实际损失，或者损失很小，那么公司扣薪的幅度也应相应减小，确保扣薪行为的公正性和合理性。
不可扣薪的例外情况：
- 如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定程序不合法（如未经职工讨论和协商、未进行公示或告知劳动者），则公司不能以迟到为由扣工资。
- 若公司扣薪幅度过大，严重损害了劳动者的合法权益，即使公司有规章制度，该扣薪行为也可能被认定为违法。
- 对于不可抗力因素导致的迟到，如自然灾害、交通事故等，公司一般不应扣工资。对于首次迟到且情节轻微的情况，公司也可以考虑给予警告、提醒等人性化处理方式。
给企业和员工的建议：
- 企业方面：在处理员工迟到问题时，应严格遵循法律法规的要求，制定合法有效的规章制度，并确保扣薪行为的合理性和合法性。同时，企业也应加强与员工的沟通，让员工了解公司的规章制度和扣薪政策，减少因误解而产生的纠纷。
- 员工方面：应了解自己的权益和义务，在遇到不合法的扣薪行为时及时采取措施维护自己的合法权益。如果认为公司的迟到罚款不合理或未按规定程序制定，有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结来说，企业之所以可以迟到扣工资，是基于法律框架下的合理操作。但企业必须确保规章制度的合法性、扣薪幅度的合理性，并遵循法定程序。同时，员工也应了解自己的权益和义务，在遇到不合法的扣薪行为时及时维权。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。