在办理涤除公司法定代表人登记案件中，被告通常为公司，应由公司出庭应诉。以下是对此问题的详细分析：

1. 被告确定：

   • 在涤除公司法定代表人登记的案件中，原告通常是请求涤除其作为公司法定代表人登记的自然人，而被告则是公司本身。这是因为涤除登记的请求直接关联到公司的登记事项，且公司作为法人实体，是登记行为的直接主体。

2. 出庭应诉主体：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，公司作为法人，应由其法定代表人（在涤除登记案件中，可能是原法定代表人或临时指定的代表）或其委托的诉讼代理人出庭应诉。若公司未指定法定代表人出庭，且未委托诉讼代理人，则可能面临缺席判决的风险。
   • 在实际操作中，若原法定代表人因涤除登记请求而不再适合代表公司出庭，公司应尽快通过内部程序（如股东会决议）指定新的代表或委托诉讼代理人出庭应诉。

3. 特殊情况处理：

   • 若公司处于解散、清算等特殊状态，且无法指定代表或委托诉讼代理人出庭，法院可能会根据具体情况指定清算组负责人或其他相关人员作为代表出庭。
   • 若公司拒绝出庭或无法联系，法院可能会依法进行缺席审理，并根据原告提供的证据和法律规定作出判决。

4. 法律建议：

   • 对于原告而言，在提起涤除登记诉讼前，应确保已充分收集证据，证明其已不再担任公司法定代表人或已无法履行法定代表人职责，且公司未及时办理涤除登记手续。
   • 对于公司而言，在收到涤除登记诉讼通知后，应积极应对，及时指定代表或委托诉讼代理人出庭应诉，避免缺席判决带来的不利后果。同时，公司也应尽快办理涤除登记手续，以符合法律法规的要求。

5. 可能法律后果：

   • 若法院判决支持原告的涤除登记请求，公司应依法办理涤除登记手续。否则，可能面临行政处罚或进一步法律纠纷。
   • 若公司未出庭应诉或未提供充分证据反驳原告的请求，法院可能会依法作出缺席判决，支持原告的涤除登记请求。

综上所述，在办理涤除公司法定代表人登记案件中，被告为公司，应由公司出庭应诉。公司应积极应对诉讼，及时指定代表或委托诉讼代理人出庭，并尽快办理涤除登记手续以符合法律法规要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。