涤除法定代表人应当通过诉讼程序针对公司进行，而不是直接针对股东。以下是对此问题的详细分析：

一. 法定代表人地位与责任

• 根据《中华人民共和国民法典》第六十一条，法定代表人是代表法人从事民事活动的负责人，其以法人名义从事的民事活动，法律后果由法人承受。这表明法定代表人与法人（即公司）之间存在紧密的法律联系。

二. 涤除法定代表人的诉讼对象

• 涤除法定代表人通常涉及公司内部治理结构的调整或法律纠纷的解决，因此应当通过诉讼程序进行。
• 在诉讼中，原告（通常是请求涤除法定代表人的一方）应当针对公司提起诉讼，因为公司是法定代表人的法律归属体，对法定代表人的任免具有决定权。
• 股东虽然对公司享有股权，但并非法定代表人的直接任免主体，因此不是涤除法定代表人诉讼的直接对象。

三. 公司内部治理与股东权利

• 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东通过股东会行使权利，包括对公司重大事项的决策权。然而，对于法定代表人的任免，通常是由公司董事会根据公司章程和法律规定来决定的。
• 因此，股东在涤除法定代表人问题上，主要是通过参与公司治理结构（如股东会、董事会）来间接影响决策，而不是直接作为诉讼对象。

综上所述，涤除法定代表人应当通过诉讼程序针对公司进行，因为公司是法定代表人的法律归属体，且对法定代表人的任免具有决定权。股东虽然对公司享有权益，但在这一特定问题上并非直接诉讼对象。如有进一步需要，您可以继续咨询我。