若法院已判决涤除法定代表人登记，但公司不配合办理相关手续，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 申请强制执行：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当一方不履行生效法律文书确定的义务时，另一方有权向人民法院申请强制执行。
   • 操作步骤：您应向作出涤除法定代表人登记判决的法院提交强制执行申请书，并附上生效的判决书作为执行依据。法院在受理申请后，会依法对公司采取相应的执行措施，如查封、扣押、拍卖财产等，以强制其履行判决义务。

2. 向市场监管部门申请变更登记：

   • 特殊情形处理：在某些地区，市场监管部门可能接受法定代表人直接凭生效法律文书申请变更登记，即使公司不配合。这主要依赖于当地市场监管部门的具体规定和操作流程。
   • 操作建议：您可以先咨询当地市场监管部门，了解是否接受此类申请，并准备相应的材料，如生效的判决书、身份证明等，以便在必要时提交申请。

3. 追究公司及相关责任人的法律责任：

   • 法律责任：如果公司拒不履行生效判决，除了可能面临强制执行外，其法定代表人（或实际控制人）还可能因妨碍民事诉讼而被法院处以罚款、拘留等处罚。此外，如果公司的行为给您造成了损失，您还有权要求公司承担赔偿责任。
   • 操作建议：在申请强制执行的同时，您可以向法院提出对公司的罚款、拘留申请，或者另行提起民事诉讼要求公司赔偿损失。

4. 考虑其他法律途径：

   • 公司内部治理：如果可能，您可以尝试通过公司内部治理机制来解决问题，如召开股东会或董事会，选举新的法定代表人，并办理相应的变更登记手续。但这一途径的成功性取决于公司的具体治理结构和股东之间的合作关系。
   • 股权转让或退出：如果公司治理结构复杂或股东之间存在严重分歧，您也可以考虑通过股权转让或退出公司的方式来彻底解决问题。但这一选择需要您权衡利弊，并考虑可能产生的法律后果和税务问题。

在处理此类问题时，您需要注意以下几点：

• 保留证据：确保您保留了所有与案件相关的证据，如判决书、申请书、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
• 及时行动：一旦发现公司不配合办理涤除法定代表人登记手续，您应尽快采取行动，以免错过申请强制执行或其他法律途径的时机。
• 咨询专业律师：虽然我已经为您提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类复杂问题时，我建议您直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律指导。

希望以上建议能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。