在未发现违法事实的情况下，通常应作出不予立案或者撤销案件的决定。以下从不同角度为你详细分析：
行政执法或调查领域
在行政执法过程中，如果经过调查，行政机关没有发现任何违法事实，那么根据相关法律法规，行政机关应当作出不予行政处罚的决定，并终止调查程序。例如，在市场监管领域，如果市场监管部门对某一企业进行调查后，没有发现该企业存在违法行为，那么市场监管部门就会作出不予处罚的决定，并结束调查。这是基于行政合法性原则和比例原则的要求，即行政机关在没有确凿证据证明违法行为存在的情况下，不能随意对行政相对人进行处罚。
刑事司法领域
- 侦查阶段：在刑事案件的侦查阶段，如果公安机关经过侦查，没有发现犯罪事实或者犯罪嫌疑人，那么根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关应当作出撤销案件的决定。例如，在一起盗窃案件中，公安机关经过调查取证，没有发现任何与犯罪有关的线索和证据，那么公安机关就会决定撤销该案件。
- 审查起诉阶段：在审查起诉阶段，如果检察机关经过审查，认为案件事实不清、证据不足，或者没有犯罪事实发生，那么检察机关可以作出不起诉的决定。这包括法定不起诉和酌定不起诉两种情形。法定不起诉是指检察机关认为犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者符合刑事诉讼法规定的不起诉条件时，依法作出的不起诉决定；酌定不起诉则是指检察机关认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，可以作出的不起诉决定。
民事纠纷或合同纠纷领域（虽不直接涉及“违法事实”，但类似逻辑）
在民事纠纷或合同纠纷中，如果一方主张另一方存在违约或侵权行为，但经过审理或调查，法院或仲裁机构没有发现支持该主张的事实依据，那么通常会判决驳回原告的诉讼请求或裁决驳回申请人的仲裁请求。这类似于在行政或刑事领域未发现违法事实时的处理方式，即基于事实和法律，对没有事实依据的主张不予支持。
建议：
- 如果你是在行政执法或调查过程中遇到此类情况，建议与行政机关沟通，了解其作出决定的依据和理由，并确保自己的权益得到保障。
- 如果你是在刑事司法过程中遇到此类情况，无论是作为犯罪嫌疑人还是被害人，都可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
- 在民事纠纷或合同纠纷中，如果你认为自己的权益受到侵害，但缺乏事实依据，建议重新审视自己的主张和证据，或者考虑通过其他途径解决纠纷，如协商、调解等。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，为你提供更详细的法律建议。