结论：员工在OA系统中选择离职原因写为“协商一致”，通常不会直接影响协商补偿协议的效力，但可能影响后续争议中的举证责任分配。具体是否影响，需结合双方协商过程、补偿协议内容及实际履行情况综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、离职原因填写与协商补偿协议的关系

1. 离职原因的性质：

   • 离职原因是员工在离职时对离职原因的自我陈述，属于单方意思表示，不直接决定双方权利义务。
   • 协商补偿协议是双方就离职补偿事宜达成的合意，具有法律约束力。

2. 离职原因填写的影响：

   • 若离职原因填写为“协商一致”，且双方确实就离职补偿事宜进行了协商并达成一致，则该填写内容可视为对协商过程的确认，不影响补偿协议的效力。
   • 若离职原因填写与实际情况不符，如实际为单方解除但填写为“协商一致”，则可能引发后续争议，但争议焦点通常在于解除行为的合法性及补偿协议的履行情况，而非离职原因的填写本身。

二、可能影响协商补偿协议的情形

1. 协商过程存在瑕疵：

   • 若协商过程中存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，导致补偿协议显失公平或违反真实意思表示，则员工可主张撤销或变更补偿协议。
   • 离职原因的填写本身不构成协商过程的瑕疵，但若能与其他证据结合证明协商过程存在瑕疵，则可能影响补偿协议的效力。

2. 补偿协议内容不明确或存在争议：

   • 若补偿协议内容模糊、存在歧义或未明确约定补偿金额、支付方式等关键条款，则双方可能因理解不一致而引发争议。
   • 离职原因的填写可能作为解释补偿协议内容的参考因素之一，但通常不是决定性因素。

3. 实际履行情况与补偿协议不符：

   • 若一方未按补偿协议约定履行义务，如未按时支付补偿金等，则另一方可主张违约责任。
   • 离职原因的填写与实际履行情况无直接关联，但可能影响对违约行为的认定和责任承担。

三、法律建议

1. 确保协商过程合法合规：

   • 双方在协商离职补偿事宜时，应遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则，确保协商过程合法合规。
   • 避免使用欺诈、胁迫等不正当手段迫使对方接受不合理的补偿条件。

2. 明确补偿协议内容：

   • 补偿协议应明确约定补偿金额、支付方式、支付时间等关键条款，避免模糊、歧义或遗漏。
   • 双方可在补偿协议中明确约定离职原因的填写不影响补偿协议的效力，以减少后续争议。

3. 保留相关证据：

   • 双方应保留协商过程中的书面记录、邮件、短信等证据材料，以备不时之需。
   • 若发生争议，这些证据材料将有助于证明协商过程、补偿协议内容及实际履行情况。

4. 及时咨询专业律师：

   • 若对离职原因填写、协商补偿协议等事宜存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

总结：员工在OA系统中选择离职原因写为“协商一致”，通常不会直接影响协商补偿协议的效力。但为确保双方权益，建议在协商过程中遵循合法合规原则、明确补偿协议内容、保留相关证据材料，并在必要时咨询专业律师。