企业内部承包协议约定的提成纠纷是否属于劳动纠纷，并不必然，而是需要根据具体情况细致判断。以下是对此问题的全面分析及结论：
一、不属于劳动纠纷的情形
合同性质与目的：
- 企业内部承包合同是企业与内部职工之间就特定生产经营任务签订的承包协议，它主要明确的是双方在承包经营事项上的权利义务关系，而非典型的劳动关系。这种合同更侧重于经济层面的合作与责任划分。
- 法律依据：根据《劳动部关于履行企业内部承包责任合同的争议是否受理的复函》，企业实行内部责任制后与职工签订的承包合同与劳动合同有很大差别，一般不属于劳动合同。
实际履行情况：
- 如果承包人在经营管理上具有较大的自主性，比如自负盈亏、自主决定经营方式、人员招聘等，且企业仅收取一定承包费用，不进行劳动管理，那么这种合同纠纷更倾向于被认定为民事纠纷。
- 若纠纷内容围绕承包合同中的经营指标、费用结算、承包期限等民事合同要素产生，而非基于劳动权利义务争议，也应认定为民事纠纷。
法律关系：
- 承包合同关系并非基于劳动关系中劳动者提供劳动、用人单位支付报酬的典型特征，而是更侧重于双方在经济合作中的权利义务关系。
二、可能属于劳动纠纷的情形
劳动关系特征：
- 如果企业内部承包合同符合劳动关系的特征，比如承包人仍然需要遵守企业的各项劳动规章制度，接受企业的日常管理（如考勤管理、工作任务分配等），且承包的业务本身就是企业核心业务的一部分，那么这种情况下内部承包合同纠纷可按劳动纠纷处理。
- 法律依据：原劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》中规定了劳动关系的认定标准，包括主体资格、管理与被管理关系、业务关联性等方面。
合同内容包含劳动权利义务：
- 如果承包合同中包含有工资福利等应在劳动合同中规定的劳动权利义务方面的内容，且职工与企业因执行这些规定发生的争议，那么这部分争议可能被视为劳动争议。但需要注意的是，这并不改变承包合同纠纷本身在多数情况下不属于劳动纠纷的基本性质，只是说明其中可能包含劳动纠纷的元素。
处理建议
在处理企业内部承包协议约定的提成纠纷时，应首先明确合同的具体内容、双方的实际履行情况以及纠纷的核心焦点。根据这些情况，结合相关法律法规和司法解释，准确判断纠纷的性质，并遵循相应的法律程序和原则进行解决。如果纠纷涉及劳动权利义务方面的争议，可能需要同时考虑劳动法律法规的相关规定。
举例说明：假设某企业与员工签订了一份内部承包协议，约定员工承包企业的某个销售部门，并按照销售额的一定比例提取提成。如果协议中明确规定了员工需要遵守企业的考勤制度、接受企业的销售任务分配等，且该销售部门是企业核心业务的一部分，那么因提成产生的纠纷可能属于劳动纠纷。反之，如果协议中员工具有较大的自主经营权，企业仅收取固定管理费，不进行日常管理，那么因提成产生的纠纷则更可能属于民事纠纷。
总结来说，企业内部承包协议约定的提成纠纷是否属于劳动纠纷，需要根据合同的具体内容、双方的实际履行情况以及纠纷的核心焦点来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。