核心结论：对于过去未满16岁上班被纪委查到的情况，组织部门（通常涉及劳动监察、教育等部门）的处理方式需结合具体违法情形、整改情况及未成年人权益保护等多方面因素综合判定，主要可能涉及责令改正、行政处罚、督促整改及权益保障等措施。以下从法律适用、处理程序、后续保障三个维度展开分析：
一、法律适用：违反《劳动法》《未成年人保护法》的双重规制
根据《劳动法》第15条及《未成年人保护法》第61条，禁止用人单位招用未满16周岁的未成年人（文艺、体育和特种工艺单位除外，且需依法履行审批手续并保障义务教育）。若纪委查实用人单位存在违法用工行为，组织部门（如劳动监察部门）将依据《劳动保障监察条例》第30条，对用人单位作出责令限期改正、罚款（通常为每使用1名童工每月处5000元罚款）等行政处罚；情节严重的，可能吊销营业执照或责令停产停业。
关键点：处罚对象是用人单位，而非未成年人本人；若用人单位为党政机关、事业单位，还可能涉及《公务员法》《事业单位人事管理条例》中的纪律处分条款。
二、处理程序：多部门联动与分类处置
调查取证阶段
纪委查实后，会将线索移交劳动监察部门或教育部门（若涉及义务教育阶段辍学）。调查内容包括用工时间、工作内容、工资支付、是否影响学业等，并固定劳动合同、工资单、考勤记录等证据。
行政处罚阶段
劳动监察部门根据违法情节轻重，作出《劳动保障监察限期整改指令书》或《行政处罚决定书》。若用人单位拒不整改，可申请法院强制执行，并纳入“黑名单”向社会公示。
未成年人权益保障
教育部门需核查未成年人是否因务工辍学，若存在，应责令复学并协调解决入学问题；民政部门或共青团组织可能介入，提供心理辅导、职业培训等帮扶措施。
三、后续保障：防止“二次伤害”与长效监管
对用人单位的后续监管
劳动监察部门将用人单位纳入重点监控名单，定期回访检查，防止再次违法用工；若涉及跨区域用工，可能启动区域协作机制，联合多地劳动部门共同监管。
对未成年人的补偿与救助
若未成年人因务工遭受人身损害或权益侵害，可依据《民法典》第1182条主张赔偿；若符合社会救助条件，可申请最低生活保障、临时救助等。
对监管部门的问责
若纪委查实相关职能部门存在监管失职（如未及时发现、制止违法用工），可能依据《中国共产党问责条例》或《公务员法》对责任人进行党纪政务处分。
建议：若您或您身边的人涉及此类问题，可进一步提供用工单位性质、用工时长、是否影响学业等细节，我将结合具体情形分析法律风险及应对策略。