仲裁机构仅通过手机短信通知仲裁通知和裁决书，这一程序通常是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律程序要求

在劳动仲裁等法律程序中，送达是一个至关重要的环节，它直接关系到当事人的知情权、参与权以及诉讼权利的保障。根据一般的法律原则和规定，仲裁机构在送达仲裁通知、裁决书等法律文书时，应当遵循法定的送达方式和程序。这些方式通常包括直接送达、留置送达、邮寄送达、公告送达等，以确保当事人能够实际收到并了解相关法律文书的内容。

手机短信通知并不属于法定的送达方式。虽然随着科技的发展，手机短信等电子方式在信息传递中扮演着越来越重要的角色，但在法律文书的送达上，由于其可能存在的技术故障、信息丢失、被误删或未及时查看等问题，导致当事人可能无法实际收到或了解法律文书的内容，因此并不被法律所认可为有效的送达方式。

可能的法律后果

如果仲裁机构仅通过手机短信通知仲裁通知和裁决书，而当事人并未实际收到或了解相关内容，那么这可能会对当事人的诉讼权利产生严重影响。例如，当事人可能因未收到仲裁通知而错过答辩或举证的机会，或者因未收到裁决书而无法及时行使上诉或申请执行等权利。

实际操作建议

1. 确认送达方式：如果你作为当事人，在劳动仲裁过程中遇到仅通过手机短信通知的情况，首先应当向仲裁机构确认其送达方式是否合法，并要求其提供书面的送达证明。
2. 及时沟通：如果仲裁机构坚持仅通过手机短信通知，你可以与其沟通，表达你的担忧和不满，并要求其采用法定的送达方式。
3. 寻求法律帮助：如果仲裁机构拒绝改变送达方式，或者你已经因未收到相关法律文书而遭受了损失，你可以及时向我这样的专业律师咨询，了解你的权利和义务，并寻求法律帮助来维护你的合法权益。

总结来说，仲裁机构仅通过手机短信通知仲裁通知和裁决书是不合法的。如果你遇到这种情况，应当及时与仲裁机构沟通并寻求法律帮助。如果你还有其他关于劳动仲裁或相关法律问题，可以直接向我咨询。