若一方对乡司法所就宅基地边界纠纷的调解意见不同意，这并不影响调解意见本身的合理性与合法性评估，但确实意味着该纠纷尚未得到最终解决。在此情况下，您可以考虑以下几种途径来进一步处理该纠纷：

1. 向政府部门申请处理：

   • 法律依据：根据《土地管理法》的相关规定，土地所有权和使用权争议，在协商不成的情况下，应由人民政府处理。对于个人之间或个人与单位之间的争议，具体由乡级人民政府或县级以上人民政府负责。
   • 处理流程：您可以向当地乡级或县级人民政府的土地行政主管部门提出申请，并提交相关证据材料，如宅基地使用证、边界协议、现场照片等。政府部门将进行调查核实，听取双方陈述，并依法作出处理决定，可能包括确认权属或裁决使用范围等。

2. 提起民事诉讼：

   • 起诉条件：若政府处理未能解决问题，或者您认为政府处理决定未能充分保障您的权益，您可以向人民法院提起民事诉讼。在起诉时，您需要准备起诉状，明确原被告信息、诉讼请求、事实和理由，并提供相关证据。
   • 诉讼程序：法院受理案件后，将按照法定程序进行审理，包括举证、质证、辩论等环节。最终，法院将依据法律和事实作出判决，可能涉及权属确认、停止侵权、赔偿损失等。

3. 寻求其他调解或仲裁途径：

   • 其他调解：除了乡司法所的调解外，您还可以尝试寻求其他调解组织或专业人士的帮助，如村民委员会、人民调解委员会等，以寻求双方都能接受的解决方案。
   • 仲裁：如果双方之前有仲裁条款约定，在一方拒绝调解时，另一方可根据仲裁协议向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，双方应履行。

在处理此类纠纷时，您还需要注意以下几点：

• 保持冷静和理性：在整个过程中，避免采取过激或违法行为，以免加剧纠纷或给自己带来不必要的法律风险。
• 尊重对方权益和主张：尽管双方存在争议，但应尊重对方的合法权益和主张，寻求双方都能接受的解决方案是最终目标。
• 准备充分证据：无论是向政府部门申请处理还是提起民事诉讼，都需要准备充分的证据来支持自己的主张。因此，在纠纷发生初期，您就应尽可能收集并保存相关证据。

若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于合同纠纷、房产纠纷领域的专业律师，我将竭诚为您提供专业、全面的法律服务。