农村邻里宅基地边界纠纷达成协议后，可通过以下方式确保公正性：

1. 协议内容明确具体
   协议中需清晰记载双方身份信息、宅基地权属证明（如《集体土地建设用地使用证》）、边界划定依据（如坐标点、参照物）、争议解决方式（如协商不成可申请仲裁或诉讼）等核心条款。例如，可约定“以东侧老槐树树干中心为基准点，向南延伸15米为双方边界线”，避免使用“大致”“附近”等模糊表述。

2. 履行法定公示程序
   根据《土地管理法》第十四条，土地权属争议达成协议后，需向乡（镇）人民政府或县级自然资源主管部门申请备案。备案后，相关部门会在村集体范围内公示（通常15日），公示无异议后协议生效。此步骤可防止一方事后反悔或第三方主张权利。

3. 引入第三方见证或公证

   • 基层组织见证：邀请村委会、人民调解委员会等基层组织派员参与协议签订过程，并出具书面见证意见。
     
   • 公证处公证：若协议涉及复杂权属关系或高价值财产，可申请公证处对协议真实性、合法性进行公证。公证文书具有直接证据效力，法院可直接采信。
     
   • 律师见证：双方可共同委托律师对协议签订过程进行见证，律师会审查权属证明、核实边界情况，并出具法律意见书。

4. 协议履行监督机制
   在协议中约定分期履行条款（如“协议签订后3日内共同完成边界标记，10日内向政府部门备案”），并设置违约责任（如“逾期未履行需支付违约金5000元”）。同时，可约定由基层组织或第三方定期检查履行情况。

特殊情形处理建议：

• 若一方拒不履行协议，另一方可持协议书、备案证明等材料向法院提起民事诉讼，要求继续履行或赔偿损失。
  
• 若协议签订后发现新证据（如历史地契、卫星影像）证明边界划定错误，双方可协商修改协议；协商不成可申请行政确权或提起民事诉讼。
  

温馨提示：宅基地边界纠纷涉及物权法、土地管理法等多部法律，协议签订前建议双方先核对权属证明、查阅历史档案，必要时可委托专业机构进行边界测绘。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。