在食品安全案件办理中，若当事人不配合，可采取以下措施进行处理：
明确告知法律责任与后果
首先，向当事人明确说明其在食品安全案件中的法律责任，包括可能面临的行政处罚（如罚款、吊销许可证等）或刑事责任（如生产销售不符合安全标准的食品罪）。同时，告知其不配合调查可能构成“阻碍国家机关工作人员依法执行职务”，根据《治安管理处罚法》第五十条，可处警告、罚款或拘留；若情节严重，还可能触犯《刑法》第二百七十七条的“妨害公务罪”，面临刑事追责。通过法律威慑，促使当事人认识到配合调查的必要性。
灵活运用调查手段
若当事人拒绝配合询问或提供证据，可依法采取强制措施或替代性调查手段：
- 书面通知与责令：通过《询问通知书》《责令提供材料通知书》等书面形式，要求当事人限期配合，并明确逾期不配合的法律后果。
- 现场检查与抽样：根据《食品安全法》第一百一十条，对当事人的经营场所、设施设备、原料等直接进行现场检查或抽样检验，无需当事人同意。
- 第三方协助调查：委托具有资质的检测机构、会计师事务所等第三方机构，对涉案食品、财务记录等进行专业鉴定或审计，获取客观证据。
- 电子数据取证：若当事人拒绝提供电子记录（如销售数据、进货台账），可通过技术手段提取其服务器、云端数据或终端设备中的信息，但需确保取证程序合法（如由两名执法人员在场、制作取证笔录等）。
- 申请司法强制措施
若当事人行为已涉嫌犯罪（如生产销售有毒有害食品），且拒绝配合刑事侦查，可向公安机关申请采取强制措施：
- 传唤与拘传：对拒不到案的当事人，可依法传唤或拘传至指定地点接受讯问。
- 搜查与扣押：对隐藏、转移证据的当事人，可申请搜查其住所或经营场所，并扣押涉案物品。
- 冻结财产：若当事人可能转移资产，可申请冻结其银行账户、房产等财产，确保后续赔偿或罚款的执行。
- 借助行政与刑事联动机制
食品安全案件常涉及行政处罚与刑事追责的衔接，可利用以下机制突破当事人不配合的困境：
- 行刑衔接：将案件线索同步移送公安机关，由刑事侦查的强制力推动调查进展。
- 联合执法：联合市场监管、公安、卫生等部门开展专项行动，通过多部门协同施压，促使当事人配合。
- 信用惩戒：将当事人不配合行为记入信用档案，实施联合惩戒（如限制高消费、禁止参与政府采购等），增加其违法成本。
- 完善证据链以弥补配合缺失
若当事人始终拒绝配合，需通过其他证据形成完整链条：
- 证人证言：收集消费者、供应商、员工等第三方的陈述，证明涉案食品的生产、销售或使用情况。
- 物证与书证：固定涉案食品的包装、标签、残留物等物证，以及进货单、销售记录、检测报告等书证。
- 鉴定意见：委托专业机构对食品成分、污染程度等进行鉴定，出具具有法律效力的结论。
- 视听资料：调取监控录像、录音等，记录当事人的生产、销售行为或拒绝配合的场景。
总结：当事人不配合时，需以法律威慑为基础，灵活运用调查手段，借助行政与刑事联动机制，并通过完善证据链弥补配合缺失。具体措施需根据案件性质（行政或刑事）、当事人不配合的程度（如拒绝询问、隐藏证据等）以及证据类型（直接证据或间接证据）综合选择，确保案件办理的合法性与有效性。