针对您提出的“刑事案件被害人不配合公安机关如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

在刑事案件中，被害人的配合对于案件的侦破和定性至关重要。然而，有时被害人可能会因各种原因不配合公安机关的工作。针对这种情况，公安机关和司法机关会依据相关法律法规和实际情况，采取不同的处理措施。

一、了解不配合的原因

首先，公安机关会尝试了解被害人不配合的具体原因。这些原因可能包括心理恐惧、对案件处理结果的担忧、对公安机关的不信任等。通过深入了解，可以为后续的处理措施提供有针对性的依据。

二、采取相应措施

1. 心理疏导与保护：

   • 若被害人因恐惧等心理因素不配合，公安机关应采取必要的保护措施，如提供心理咨询、安排安全住所等，以消除其顾虑，确保其安全。

2. 法律教育与劝导：

   • 对于无正当理由拒不出庭作证或拒绝提供关键证据的被害人，公安机关和司法机关可对其进行法律教育，明确其配合案件调查的义务，并劝导其积极配合。

3. 依法搜查与提取：

   • 若被害人应配合却拒绝提供关键证据，且该证据对案件侦破至关重要，侦查机关可依法进行搜查、提取，以确保案件的正常推进。

4. 法律制裁：

   • 若被害人故意作虚假陈述、陷害他人或隐匿罪证，将依法追究其伪证罪等刑事责任，以维护法律的严肃性和公正性。

三、综合全案证据进行处理

若被害人不配合导致某些证据无法收集，公安机关和司法机关会综合全案其他证据来判断案件事实。在保障被害人合法权益的基础上，依法推进案件办理，确保案件的公正处理。

四、特殊情况的考虑

对于因身体原因、精神创伤等客观原因无法配合的被害人，公安机关应提供相应的帮助和支持，如安排医疗救治、提供心理疏导等，待条件允许时再进行相关调查工作。

综上所述，公安机关和司法机关在处理刑事案件被害人不配合的情况时，会综合考虑多种因素，采取不同的处理措施。在保障被害人合法权益的同时，依法推进案件办理，确保法律的公正实施。