在牵涉刑事案件时，如果被调查人不配合调查，处理方式会根据具体情况有所不同，以下是详细分析：

1. 法律义务与后果
   被调查人在刑事案件中有义务配合调查，这包括如实陈述事实、接受询问、提供相关证据等。如果被调查人无正当理由拒绝配合，可能面临法律后果。例如，根据《刑事诉讼法》相关规定，对于有义务作证的证人，如果无正当理由拒绝作证或者出庭作证，情节严重的，可能会被处以罚款、拘留等处罚。对于犯罪嫌疑人或被告人，不配合调查可能被视为态度恶劣，影响量刑时的酌情考量。

2. 强制措施的适用
   如果被调查人是犯罪嫌疑人或被告人，且其不配合行为严重妨碍了侦查或审判工作的进行，司法机关有权依法采取强制措施。这些措施可能包括拘传、取保候审、监视居住、拘留或逮捕等。具体适用哪种措施，会根据案件的性质、情节以及被调查人的行为表现等因素综合判断。

3. 对案件进程的影响
   被调查人的不配合行为可能会对案件的进程产生不利影响。例如，如果关键证人拒绝作证，可能导致证据不足，影响案件的定罪量刑。对于犯罪嫌疑人或被告人而言，不配合调查可能延长侦查、审查起诉或审判的时间，增加自身的法律风险。

4. 应对策略与建议

• 保持冷静与理性：被调查人应认识到配合调查是法律义务，也是维护自身权益的重要途径。避免采取过激行为或逃避调查，以免加重法律后果。
• 寻求法律帮助：如果被调查人对调查程序或自身权利存在疑问，应及时咨询专业律师，了解相关法律规定和应对策略。
• 积极配合调查：在律师的指导下，被调查人应积极配合调查工作，如实陈述事实，提供相关证据，以维护自身合法权益。

总结：在牵涉刑事案件时，被调查人应认识到配合调查的重要性，并积极履行法律义务。如果遇到不配合的情况，司法机关会依法采取相应措施，确保案件的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。