核心结论：仅持有补胎店营业执照而使用流动补胎车开展业务，可能存在以下不合法之处，需根据具体情况进一步分析并完善合规手续。

1. 未取得道路运输经营许可
   根据《中华人民共和国道路运输条例》第二十四条，从事机动车维修经营（包括流动补胎）需向县级道路运输管理机构提出申请，取得《道路运输经营许可证》。若仅持有补胎店营业执照而未办理该许可，流动补胎车可能被认定为非法营运，面临罚款（通常为违法所得2-10倍，无违法所得则处3万-10万元罚款）甚至没收违法所得的处罚。

2. 车辆未备案或未取得专用标识
   若流动补胎车属于改装车辆（如加装补胎设备），需符合《机动车登记规定》中关于车辆改装的要求，并向公安机关交通管理部门备案。部分地区还要求流动维修车辆粘贴统一标识、安装GPS定位系统，否则可能因“擅自改变机动车外形和已登记的技术数据”被处以500元以下罚款，并责令恢复原状。

3. 未办理工商登记范围变更
   营业执照的经营范围需明确包含“流动补胎”或“机动车维修（流动）”。若原执照仅登记“轮胎修补（固定场所）”，则超出范围经营，可能被市场监管部门依据《公司登记管理条例》第六十八条责令改正，处1万-10万元罚款；情节严重的，吊销营业执照。

4. 环保与安全合规风险

   • 环保要求：流动补胎过程中若涉及废旧轮胎处理、废机油回收等，需遵守《固体废物污染环境防治法》。若未建立危废台账或交由无资质单位处置，可能面临10万-100万元罚款。
     
   • 安全要求：根据《安全生产法》，流动补胎车需配备灭火器、反光标识等安全设备，操作人员需持有相应资质（如低压电工证，若涉及电气维修）。未达标可能被责令停业整顿，并处10万-20万元罚款。

5. 跨区域经营限制
   部分地区对流动维修车辆实施区域管控（如禁止进入高速服务区、核心城区）。若未提前了解当地政策，可能因“违规占道经营”或“违反交通管制”被城管或交警部门处罚。

建议行动：

1. 立即向当地道路运输管理机构申请《道路运输经营许可证》（机动车维修类别）；
   
2. 核对营业执照经营范围，必要时办理增项登记；
   
3. 对流动补胎车进行合法改装备案，并完善安全、环保设备；
   
4. 咨询属地交通、环保部门，明确区域经营限制及危废处理要求。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体地区的合规细则。