针对施工项目挂靠单位偷税漏税的问题，处理方式需结合法律程序与实务操作，具体如下：

1. 税务机关的调查与处罚
   税务机关一旦发现挂靠单位存在偷税漏税行为，会依法启动调查程序，包括但不限于核查账目、询问相关人员、调取银行流水等。若查实存在违法行为，税务机关将根据《税收征收管理法》第六十三条的规定，追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，还会依法追究刑事责任。

2. 被挂靠单位的法律责任
   在挂靠关系中，被挂靠单位往往因允许他人以本单位名义承揽工程而承担一定的法律风险。若挂靠单位偷税漏税行为被查实，税务机关在追缴税款时，可能会将被挂靠单位视为共同责任人，要求其承担连带缴纳责任。这主要基于被挂靠单位对挂靠项目的财务管理、税务申报等负有监督和管理职责，若因疏忽或故意放任导致偷税漏税，需承担相应法律后果。

3. 挂靠单位与被挂靠单位的内部责任划分
   尽管税务机关可能将两者视为共同责任人，但挂靠单位与被挂靠单位之间仍可通过内部协议明确责任划分。不过，这种内部协议仅对双方具有约束力，不能对抗税务机关的追缴决定。因此，建议双方在挂靠协议中明确约定税务申报、缴纳等事项的责任主体及违约责任，以减少潜在纠纷。

4. 应对策略与建议

   • 及时自查与整改：一旦发现存在偷税漏税风险，应立即进行自查，主动补缴税款及滞纳金，以减轻或避免行政处罚。
     
   • 积极配合税务机关调查：在税务机关调查过程中，应如实提供相关资料，积极配合调查工作，避免因隐瞒或抗拒调查而加重处罚。
     
   • 寻求法律帮助：若对税务机关的处理决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。
     
   • 加强内部管理：被挂靠单位应加强对挂靠项目的财务管理和税务申报监督，确保合规经营，降低法律风险。

若您在施工项目挂靠或税务合规方面遇到具体问题，欢迎直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供详细解答。