结论：员工因旷工被罚款后是否还要扣缺勤工资，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规的适用情况。以下从不同角度展开分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定

• 罚款与扣工资的独立性：若公司规章制度或劳动合同中明确规定，旷工不仅需缴纳罚款（如纪律处分性质），还需扣除缺勤期间的工资（如劳动报酬调整性质），则两者可并行适用。但需注意：
  • 罚款的合法性：根据《企业职工奖惩条例》（已废止）及现行《劳动合同法》，企业无权对员工进行罚款，除非符合以下条件：

       - 罚款金额不超过当月工资的20%；
       - 罚款后工资不低于当地最低工资标准；
       - 规章制度经民主程序制定并公示。
    

  • 扣缺勤工资的合法性：员工旷工期间未提供劳动，公司有权不支付该期间工资，但需以实际缺勤时间为依据，不得超额扣除。
• 冲突处理：若规章制度或合同中同时约定罚款和扣工资，可能因重复处罚被认定为违法。例如，员工旷工1天被罚款500元并扣1天工资，若罚款已超过合理范围，可能被认定为克扣工资。

2. 法律法规的强制性规定

• 工资支付义务：根据《工资支付暂行规定》，公司仅需支付员工实际提供劳动期间的工资。旷工期间未提供劳动，公司无需支付工资，但不得以“罚款”名义额外扣除。
• 最低工资保障：即使扣除缺勤工资，员工当月实得工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工月薪5000元，旷工3天扣900元工资后，若剩余工资低于最低工资，则扣除部分违法。
• 罚款的禁止性规定：除特定行业（如金融、航空）外，普通企业无权对员工进行罚款。若公司以“罚款”名义扣款，可能被认定为未及时足额支付劳动报酬，员工可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

3. 实务操作建议

• 公司角度：
  1. 修订规章制度，明确旷工的法律后果为“不支付缺勤期间工资”，避免使用“罚款”表述；
  2. 确保扣除金额合理，不得超过缺勤天数对应的工资，且扣除后不低于最低工资；
  3. 保留员工旷工的证据（如考勤记录、通知记录等），以应对劳动争议。
• 员工角度：
  1. 核查公司规章制度是否经民主程序制定并公示；
  2. 计算扣除金额是否合法（如是否超过缺勤工资或最低工资标准）；
  3. 若公司违法扣除，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求补发工资及赔偿。

总结：员工旷工时，公司可依法不支付缺勤期间工资，但无权以“罚款”名义额外扣款。若公司规章制度或合同中同时约定罚款和扣工资，需审查其合法性，避免重复处罚或克扣工资。如有争议，建议根据具体证据和当地司法实践进一步分析。