结论：公司以员工请假照顾生病父亲为由扣保险的做法通常是不合理的，但具体是否合法需结合请假性质、公司规章制度及劳动合同约定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 从“扣保险”的性质看：保险缴纳是法定义务，不得随意免除

根据《社会保险法》和《劳动合同法》，用人单位必须为员工缴纳社会保险（养老、医疗、失业、工伤、生育），这是法定义务，不得因员工请假、旷工等行为免除或暂停。即使员工请假，公司仍需按月足额缴纳社保，否则可能面临：

• 劳动行政部门责令补缴；
• 支付滞纳金（每日万分之五）；
• 员工以此为由解除劳动合同并主张经济补偿金。

例外情况：若员工请假导致劳动关系实际终止（如长期旷工被解除合同），则公司可停缴社保，但需以合法解除劳动关系为前提。

2. 从“请假”的性质看：需区分请假类型与规章制度

公司是否可因请假扣减工资或福利（非社保），需结合请假类型和公司制度：

• 事假：员工因个人原因请假，公司可扣减当日工资（按日工资标准计算），但不得扣减社保；
• 病假：员工因父亲生病需照顾，若符合“非因工负伤”情形（如父亲突发疾病需陪护），可申请病假。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假期间公司需支付病假工资（不低于当地最低工资的80%），且不得停缴社保；
• 其他假期：如带薪年休假、探亲假等，公司需按正常工资支付，且不得扣减社保。

关键点：若公司规章制度或劳动合同中明确约定“请假期间停缴社保”，该条款因违反法律强制性规定而无效，员工可主张公司补缴。

3. 从“公司行为合法性”看：需举证证明扣保依据

若公司主张扣保合法，需满足以下条件：

• 员工请假导致劳动关系实际终止（如未获批假长期旷工，公司依法解除合同）；
• 公司规章制度或劳动合同中明确约定“请假期间社保由员工自行承担”，且该条款不违反法律强制性规定（但此类条款通常无效）；
• 员工书面同意扣保（但员工可事后主张无效）。

实务建议：若公司无合法依据扣保，员工可：

1. 向公司提出书面异议，要求补缴社保；
2. 向当地劳动监察大队投诉（电话：12333）；
3. 申请劳动仲裁，主张公司补缴社保并赔偿损失（如因未缴社保导致无法享受医保报销的损失）。

总结

公司以员工请假为由扣保的行为，大概率违法。员工可先与公司协商，协商不成可通过法律途径维权。如有具体证据（如扣保通知、请假记录等），可进一步向我咨询，我会结合细节分析维权方案。